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万見
- PDB-1hq6: STRUCTURE OF PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE AT PH 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hq6
タイトルSTRUCTURE OF PYRUVOYL-DEPENDENT HISTIDINE DECARBOXYLASE AT PH 8
要素(HISTIDINE DECARBOXYLASE) x 2
キーワードLYASE / HELIX DISORDER / PH REGULATION / LESS ACTIVE FORM / PYRUVOYL / CARBOXY-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / L-histidine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich ...Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus sp. (乳酸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schelp, E. / Worley, S. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: pH-induced structural changes regulate histidine decarboxylase activity in Lactobacillus 30a.
著者: Schelp, E. / Worley, S. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
履歴
登録2000年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE DECARBOXYLASE
B: HISTIDINE DECARBOXYLASE
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE
D: HISTIDINE DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2724
ポリマ－68,2724
非ポリマー00
水64936
1
A: HISTIDINE DECARBOXYLASE
B: HISTIDINE DECARBOXYLASE
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE
D: HISTIDINE DECARBOXYLASE

A: HISTIDINE DECARBOXYLASE
B: HISTIDINE DECARBOXYLASE
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE
D: HISTIDINE DECARBOXYLASE

A: HISTIDINE DECARBOXYLASE
B: HISTIDINE DECARBOXYLASE
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE
D: HISTIDINE DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,81712
ポリマ－204,81712
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.431, 117.431, 241.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細THE ENZYME IS A TRIMER OF *AB* SUBUNITS. TWO TRIMERS, RELATED BY A TWO-FOLD ROTATION, CAN FORM A HEXAMER. EACH *AB* SUBUNIT CONTAINS TWO CHAINS RESULTING FROM AN AUTOCATALYTIC CLEAVAGE REACTION. THE BETA CHAIN IS RESIDUES 1 THROUGH 81, WHILE THE ALPHA CHAIN IS RESIDUES 82 THROUGH 310. RESIDUE PVL 82 IS AN N-TERMINAL PYRUVOYL GROUP USED AS A COFACTOR. EACH COMPLETE *AB* SUBUNIT CONSISTS OF A BETA CHAIN AND A PVL COFACTOR LINKED TO THE N TERMINUS OF AN ALPHA CHAIN. / TWO "AB" SUBUNITS, RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD ROTATION IN A TAIL-TO-TAIL MANNER, CONSTITUTE THE ASYMMETRIC UNIT. THIS REPRESENTS ONE-THIRD OF THE BIOLOGICAL HEXAMER. / THE SECOND ONE-THIRD OF THE HEXAMER IS ASSEMBLED BY APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD OPERATOR: -Y, X-Y, Z / THE THIRD ONE-THIRD OF THE HEXAMER IS ASSEMBLED BY APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD OPERATOR: Y-X, -X, Z

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要素

#1: タンパク質 HISTIDINE DECARBOXYLASE / PI CHAIN


分子量: 8850.832 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN (RESIDUES 1-81) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: HDCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase
#2: タンパク質 HISTIDINE DECARBOXYLASE


分子量: 25285.375 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN (RESIDUES 82-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: HDCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 400, PEG 4000, TRIS-HCL, SODIUM ACETATE, N-DODECYL-BETA-N-MALTOSIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mg/mlhistidine decarboxylase1drop
325 %(w/v)PEG4001reservoir
48 %PEG40001reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir
2n-dodecyl-beta-D-maltoside1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月13日
放射モノクロメーター: double focussing mirrors (Ni & Pt) + Ni filter
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 17625 / Num. obs: 17625 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / % possible all: 98.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PYA

1pya


解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 1687 -RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.269 17625 --
obs0.263 16971 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 0 36 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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