PDB-1hpw: STRUCTURE OF A PILIN MONOMER FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA: IMPLICA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hpw

タイトル

STRUCTURE OF A PILIN MONOMER FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA: IMPLICATIONS FOR THE ASSEMBLY OF PILI.

要素

FIMBRIAL PROTEIN

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / fimbria / methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / glycosphingolipid binding / biological process involved in interaction with host / periplasmic space / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Keizer, D.W. / Slupsky, C.M. / Campbell, A.P. / Irvin, R.T. / Sykes, B.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of a pilin monomer from Pseudomonas aeruginosa: implications for the assembly of pili.
著者: Keizer, D.W. / Slupsky, C.M. / Kalisiak, M. / Campbell, A.P. / Crump, M.P. / Sastry, P.A. / Hazes, B. / Irvin, R.T. / Sykes, B.D.

履歴

登録	2000年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hpw.cif.gz	365.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hpw.ent.gz	299.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hpw_validation.pdf.gz	343.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hpw_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	1hpw_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	1hpw_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/1hpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/1hpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wnj-d 3nm7-1 2rqc-d 2dhk-d 2daf-d 1wi8-d 1f8a-d 1v62-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: FIMBRIAL PROTEIN

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #9	closest to the average

#1: タンパク質	FIMBRIAL PROTEIN / PILIN 分子量: 13116.644 Da / 分子数: 1 / 断片: PILIN (RESIDUES 29-150) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K122-4 / プラスミド: PRLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P17838
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM K122-4 pilin dissolved in either 90% H2O/10% D2O or 99% D2O containing 20 mM deuterated sodium acetate, 1 mM NaN3 and 1 mM DSS, pH 5.0.
試料状態	pH: 5.1 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.2B	Varian	collection
NMRPipe		Delaglio	解析
NMRView	4.2	Johnson	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1213 restraints, 1032 are NOE-derived distance constraints, 181 dihedral angle restraints, 30 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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