PDB-1hje: Crystal structure of alpha-conotoxin SI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hje

タイトル

Crystal structure of alpha-conotoxin SI

要素

ALPHA-CONOTOXIN SI

キーワード

TOXIN / CONOTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / VENOM

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CONUS STRIATUS (ニシキミナシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.75 Å

データ登録者

Janes, R.W. / Hargittai, B. / Barany, G. / Maclean, E.J. / Teat, S.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The High Resolution Crystal Structure of Alpha-Conotoxin Si to 0.75 Angstroms
著者: Janes, R.W. / Hargittai, B. / Barany, G. / Maclean, E.J. / Teat, S.J.

履歴

登録	2001年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月7日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hje.cif.gz	16.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hje.ent.gz	11.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hje_validation.pdf.gz	354.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hje_full_validation.pdf.gz	354.2 KB	表示
XML形式データ	1hje_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	1hje_validation.cif.gz	2.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/1hje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/1hje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qmw
類似構造データ	2n0f-d 1rsx-d 2b5p-d 7lqs-d 2n7o-d 4olr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-CONOTOXIN SI

1.36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.092, 32.092, 14.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質・ペプチド	ALPHA-CONOTOXIN SI / SI (2-7 / 3-13) 分子量: 1357.645 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 50-62 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESISED BY SOLID PHASE PEPTIDE CHEMISTRY / 由来: (合成) CONUS STRIATUS (ニシキミナシ) / 参照: UniProt: P15471
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ALPHA-CONOTOXINS BIND TO THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTORS (NACHR) AND INHIBIT THEM.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.64 %
結晶化	詳細: 0.4M K,NA TARTRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS / 波長: 0.6887
検出器	タイプ: BRUKER AXS / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日
放射	モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.75→10.91 Å / Num. obs: 21312 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.99 % / R_sym value: 0.0612 / Net I/σ(I): 19.65
反射シェル	解像度: 0.75→0.87 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / R_sym value: 0.2635 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL-97	精密化
SAINT	データ削減
SADABS	データスケーリング
SHELX	位相決定

精密化

構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.75→10.91 Å / Num. parameters: 1171 / Num. restraintsaints: 50 / σ(F): 0.5 / 詳細: XTALVIEW /

	R_factor	反射数	%反射
obs	0.127	-	97.9 %
all	-	133616	-

Refine analyze

Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 78 / Occupancy sum non hydrogen: 102.71

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.75→10.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	91	0	0	27	118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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