+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hiw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN | ||||||
要素 | HIV-1 MATRIX PROTEIN | ||||||
キーワード | MATRIX PROTEIN / HIV-1 / P17 / HIV-1 MA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...viral budding via host ESCRT complex / symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hill, C.P. / Worthylake, D. / Bancroft, D.P. / Christensen, A.M. / Sundquist, W.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of the trimeric human immunodeficiency virus type 1 matrix protein: implications for membrane association and assembly. 著者: Hill, C.P. / Worthylake, D. / Bancroft, D.P. / Christensen, A.M. / Sundquist, W.I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hiw.cif.gz | 142 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1hiw.ent.gz | 113.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hiw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiw | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15003.958 Da / 分子数: 6 断片: CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PROTEIN HAS AN N-TERMINAL HISTIDINE AND THE INITIATOR METHIONINE. THE PROTEIN IS NOT MYRISTOYLATED. 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: NL4-3 / 解説: T7 PROMOTER / プラスミド: WISP93-93 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493, UniProt: P12497*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 36171 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 81.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 104117 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHSCDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |