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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hht | ||||||
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タイトル | RNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 plus template | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA POLYMERASE / VIRAL POLYMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Grimes, J.M. / Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: A Mechanism for Initiating RNA-Dependent RNA Polymerization 著者: Butcher, S.J. / Grimes, J.M. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on the Bacteriophage Phi6 RNA-Dependent RNA Polymerase 著者: Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hht.cif.gz | 396.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hht.ent.gz | 324.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hht_validation.pdf.gz | 479.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hht_full_validation.pdf.gz | 531.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hht_validation.xml.gz | 72.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hht_validation.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hht | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE PROTEIN IS ACTIVE AS A MONOMER |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1445.985 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5 NUCLEOTIDE DNA VERSION OF OPTIMUM RNA TEMPLATE #2: タンパク質 | 分子量: 74903.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11124 #3: 化合物 | 構成要素の詳細 | P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC ...P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 詳細: 1:1 PROTEIN(5MG/ML)+TEMPLATE WELL SOLUTION: 10% PEG 8000, 0.1M MES, 2 MM MNCL2, pH 6.70 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1473. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9724 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 56000 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 86 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY TBA 解像度: 2.9→20 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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