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万見
- PDB-1hf2: Crystal structure of the bacterial cell-division inhibitor MinC f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hf2
タイトルCrystal structure of the bacterial cell-division inhibitor MinC from T. maritima
要素SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
キーワードCELL DIVISION PROTEIN / FTSZ / SEPTUM / BACTERIAL CELL DIVISION / BETA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell septum assembly / division septum assembly / cell morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Cell-division inhibitor MinC, N-terminal domain / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Septum formation inhibitor MinC / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain superfamily / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain / Pectate Lyase C-like - #70 / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Transcription Regulator spoIIAA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid ...Cell-division inhibitor MinC, N-terminal domain / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Septum formation inhibitor MinC / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain superfamily / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain / Pectate Lyase C-like - #70 / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Transcription Regulator spoIIAA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable septum site-determining protein MinC
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cordell, S.C. / Anderson, R.E. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Bacterial Cell-Division Inhibitor Minc
著者: Cordell, S.C. / Anderson, R.E. / Lowe, J.
履歴
登録2000年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年1月24日Group: Atomic model / Source and taxonomy / カテゴリ: atom_site / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
B: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
C: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
D: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0284
ポリマ－91,0284
非ポリマー00
水11,890660
1
A: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
B: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5142
ポリマ－45,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC
D: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5142
ポリマ－45,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.580, 106.090, 162.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN MINC / MINC


分子量: 22757.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MINC / プラスミド: PHIS17 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9X0D7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
121 %PEG20001reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoir
35.8 %ethanol1reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40403 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→100 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3001 2177 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 43859 94.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.862 Å20 Å20 Å2
2--12.796 Å20 Å2
3---7.067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6029 0 0 660 6689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.279
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it44
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it44
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it66
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.5024 Å / Weight position: 0.5024
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / Total num. of bins used: 43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3516 51 5 %
Rwork0.3109 873 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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