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万見
- PDB-1hdl: LEKTI domain one -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdl
タイトルLEKTI domain one
要素SERINE PROTEINASE INHIBITOR LEKTI
キーワードPUTATIVE SERINE PROTEINASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / negative regulation of immune response / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion ...negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / negative regulation of immune response / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / negative regulation of proteolysis / extracellular matrix organization / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell cortex / cell differentiation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease inhibitor Kazal-type 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lauber, T. / Roesch, P. / Marx, U.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Homologous Proteins with Different Folds: The Three-Dimensional Structures of Domains 1 and 6 of the Multiple Kazal-Type Inhibitor Lekti
著者: Lauber, T. / Schulz, A. / Schweimer, K. / Adermann, K. / Marx, U.C.
履歴
登録2000年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEINASE INHIBITOR LEKTI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4921
ポリマ－6,4921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 60LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #3

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要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEINASE INHIBITOR LEKTI / HF6478


分子量: 6491.618 Da / 分子数: 1 / 断片: LEKTI DOMAIN ONE / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DISULFIDE BRIDGES BETWEEN CYS 8 AND CYS 44, AND BETWEEN CYS 21 AND CYS 41
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: I.E. VAGINAL EPITHELIUM / プラスミド: PET32A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI (DE3) / 参照: UniProt: Q9NQ38
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE FOR RESIDUES A 2 TO A 5 ARE IN CONFLICT WITH THE SWISS-PROT SEQUENCE DATABASE AND HAVE ...THE SEQUENCE FOR RESIDUES A 2 TO A 5 ARE IN CONFLICT WITH THE SWISS-PROT SEQUENCE DATABASE AND HAVE BEEN DESCRIBED BY MAEGERT H.-J.,J.BIOL.CHEM. (1999)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-TOCSY
1212D-NOESY
1312D-COSY
1411H
15115N-HSQC
161HNHA
1713D-1H
18115N-TOCSY-HSQC
1913D-1H
110115N-NOESY-HSQC
11113D-1H
112115N/1H
113115N-HMQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD NMR TECHNIQUES ON 15N-LABELED AND UNLABELED HF6478

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試料調製

試料状態pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NDEE構造決定
NMRView4.1.0構造決定
X-PLOR3.851構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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