PDB-1hd9: The Bowman-Birk Inhibitor Reactive Site Loop Sequence Represents ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hd9

タイトル

The Bowman-Birk Inhibitor Reactive Site Loop Sequence Represents an Independent Structural Beta-Hairpin Motif

要素

BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / PEPTIDE INHIBITOR / BOWMAN-BIRK INHIBITOR PROTEIN MIMETIC / HUMAN ELASTASE INHIBITOR / TYPE VIB BETA-TURN PEPTIDE

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Brauer, A.B.E. / Kelly, G. / McBride, J.D. / Cooke, R.M. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The Bowman-Birk Inhibitor Reactive Site Loop Sequence Represents an Independent Structural Beta-Hairpin Motif
著者: Brauer, A.B.E. / Kelly, G. / Mcbride, J.D. / Cooke, R.M. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.

履歴

登録	2000年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / struct_conn / Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hd9.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hd9.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hd9_validation.pdf.gz	307 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hd9_full_validation.pdf.gz	303.5 KB	表示
XML形式データ	1hd9_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	1hd9_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/1hd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/1hd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xbh-d 4ttk-d 2zxm-2 6u7u-d 6kn2-d 7k1m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE

1.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 200	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #22

#1: タンパク質・ペプチド	BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE 分子量: 1195.408 Da / 分子数: 1 / 断片: REACTIVE SITE LOOP I / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
構成要素の詳細	DETAILS ABOUT PEPTIDE DESIGN ARE DESCRIBED IN REFERENCE 1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	COSY
1	3	1	NOESY
1	4	1	ROESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-NMR. THE PAIRWISE RMSD FOR FAMILY OF 30 STRUCTURES IS 0.61+/ -0.19A FOR THE BACKBONE ATOMS AND 1.94+/-0.51A FOR ALL HEAVY ATOMS.

-
試料調製

試料状態	pH: 3.8 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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