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万見
- PDB-1haq: FOUR MODELS OF HUMAN FACTOR H DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1haq
タイトルFOUR MODELS OF HUMAN FACTOR H DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING CURVE-FITTING AND HOMOLOGY MODELLING
要素COMPLEMENT FACTOR H
キーワードGLYCOPROTEIN / IMMUNOLOGY / COMPLEMENT / COMPLEMENT ALTERNATE PATHWAY / SCR / CCP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液散乱
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A
データ登録者Aslam, M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Folded-Back Solution Structure of Monomeric Factor H of Human Complement by Synchrotron X-Ray and Neutron Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Molecular Modelling.
著者: Aslam, M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2001年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT FACTOR H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2441
ポリマ－137,2441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
モデル数4

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT FACTOR H / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 137244.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HUMAN PLASMA / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P08603
構成要素の詳細FACTOR H IS A COFACTOR IN THE INACTIVATION OF C3B BY FACTOR I

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: t / 詳細: theoretical model

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データ収集

Soln scatter
タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMax mean cross sectional radii gyration (nm)Max mean cross sectional radii gyration esd (nm)Mean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource classSource type温度 (K)Source beamline instrumentSource beamline
x-ray1TRIS0.7 - 14OTOKO500-CHANNEL QUADRANT1.70.111.10.44.40.21040YSRS BEAMLINE 2.1288
neutron2PBS IN 99.9% D2O0.4 - 9.6DETEC, RNILS, SPOLLYAREA1.510.0611.30.43.90.237 - 39NILLD11, D22
neutron3PBS IN 99.9% D2O3.7, 6.1COLLETTEAREA (TIME-OF-FLIGHT)11.70.540NISISLOQPULSED NEUTRON
modelling4

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解析

ソフトウェア名称: INSIGHT / バージョン: II 98.0 / 分類: 精密化
精密化詳細: DISCOVER WAS USED FOR ENERGY MINIMISATION
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 0 0 1213
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND RXS-2 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG, RSX-1 AND RXS-2 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR DEFINED BY ANALOGY WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY AND BASED ON THE EXPERIMENTAL CURVES IN THE Q RANGE EXTENDING TO 1.4 NM-1.
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE 17 SCR DOMAINS AND ENERGY MINIMISATIONS WERE PERFORMED TO IMPROVE THE CONNECTIVITY IN THE FH MODEL. TRIANTENNARY COMPLEX-TYPE CARBOHYDRATE STRUCTURES ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE 17 SCR DOMAINS AND ENERGY MINIMISATIONS WERE PERFORMED TO IMPROVE THE CONNECTIVITY IN THE FH MODEL. TRIANTENNARY COMPLEX-TYPE CARBOHYDRATE STRUCTURES (MAN3GLCNAC6GAL3FUC3NEUNAC1) WERE ADDED TO EACH OF THE N-LINKED GLYCOSYLATION SITES. A LIBRARY OF LINKER PEPTIDE CONFORMATIONS WAS USED IN DOMAIN MODELLING CONSTRAINED BY THE SOLUTION SCATTERING FITS. MODELLING WITH THE SCATTERING DATA WAS ALSO CARRIED OUT BY ROTATIONAL SEARCH METHODS. THE X-RAY AND NEUTRON SCATTERING CURVE I(Q) WAS CALCULATED ASSUMING A UNIFORM SCATTERING DENSITY FOR THE SPHERES USING THE DEBYE EQUATION AS ADAPTED TO SPHERES. X-RAY CURVES WERE CALCULATED FROM THE HYDRATED SPHERE MODELS WITHOUT CORRECTIONS FOR WAVELENGTH SPREAD OR BEAM DIVERGENCE, WHILE THESE CORRECTIONS WERE APPLIED FOR THE NEUTRON CURVES BUT NOW USING UNHYDRATED MODELS.
Entry fitting list: PDB CODE 1HFI, 1HCC, 1HFH, 1VCC / Num. of conformers calculated: 2010 / Num. of conformers submitted: 4 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: MSI
Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, DISCOVERY, BIOPOLYMER, DELPHI, SCTPL5, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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