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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hac | ||||||
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タイトル | CROSSLINKED HAEMOGLOBIN | ||||||
要素 | (HEMOGLOBIN A) x 2 | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / ERYTHROCYTE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / platelet aggregation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Dixon, M.M. / Kluger, R. / Jones, R.T. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Allosteric intermediates indicate R2 is the liganded hemoglobin end state. 著者: Schumacher, M.A. / Zheleznova, E.E. / Poundstone, K.S. / Kluger, R. / Jones, R.T. / Brennan, R.G. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Allosteric Transition Intermediates Modelled by Crosslinked Haemoglobins 著者: Schumacher, M.A. / Dixon, M.M. / Kluger, R. / Jones, R.T. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hac.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hac.ent.gz | 101.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hac_validation.pdf.gz | 706.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hac_full_validation.pdf.gz | 763.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hac_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hac_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1hac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1hac | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE ARE TWO ALPHA/BETA DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CROSS-LINKED, CARBONMONOXY FORM / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CROSS-LINKED, CARBONMONOXY FORM / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 |
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-非ポリマー , 4種, 54分子
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 化合物 | ChemComp-NDD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 % |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: batch method |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 2.4 M / 一般名: sodium potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19979 / Rsym value: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. measured all: 65290 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 最高解像度: 2.6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.154 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |