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- PDB-1h9t: FADR, FATTY ACID RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR FROM E. COLI IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9t
タイトルFADR, FATTY ACID RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FADB OPERATOR
要素
  • 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*GP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*G)-3'
  • FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / GntR ligand-binding domain-like / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / GntR ligand-binding domain-like / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Fatty acid metabolism regulator protein / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Van Aalten, D.M.F. / Dirusso, C.C. / Knudsen, J.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: The Structural Basis of Acyl Coenzyme A-Dependent Regulation of the Transcription Factor Fadr
著者: Van Aalten, D.M.F. / Dirusso, C.C. / Knudsen, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Fadr, a Fatty Acid-Responsive Transcription Factor with a Novel Acyl Coenzyme A-Binding Fold
著者: Van Aalten, D.M. / Dirusso, C.C. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies of the Fatty-Acid Responsive Transcription Factor Fadr from Escherichia Coli
著者: Van Aalten, D.M.F. / Knudsen, J. / Dirusso, C.C. / Kokko, T. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2001年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
B: FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN
X: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*GP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'
Y: 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1379
ポリマ－66,6374
非ポリマー5005
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.992, 92.992, 334.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99886, -0.0443, -0.00809), (-0.04385, 0.93788, 0.34586), (-0.00768, 0.34511, -0.93803)
ベクター: -9.641, -54.392, 303.78799)
詳細PROTEIN AND THE TWO DNA CHAINS

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FATTY ACID METABOLISM REGULATOR PROTEIN


分子量: 27493.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09371, UniProt: P0A8V6*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*GP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 5789.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*AP* CP*CP*AP*GP*AP*TP*G)-3'


分子量: 5860.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: SODIUM CITRATE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14.6 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropKH2PO4
310 %glycerol1drop
4200 mMmagnesium acetate1reservoir
5100 mMsodium cacodylate1reservoir
6myristoyl-CoA1drop2-fold molar excess

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.02467
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02467 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→25 Å / Num. obs: 88082 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.25→3.38 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 14138 / Num. measured all: 88082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E2X

1e2x


解像度: 3.25→12 Å / SU B: 32 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 391 2.8 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.265 13374 98.09 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.611 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.37 Å22.68 Å20 Å2
2--5.37 Å20 Å2
3----8.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3631 773 5 25 4434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.312.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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