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- PDB-1h99: PRD of LicT antiterminator from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h99
タイトルPRD of LicT antiterminator from Bacillus subtilis
要素TRANSCRIPTION ANTITERMINATOR LICT
キーワードTRANSCRIPTIONAL ANTITERMINATOR / PTS REGULATORY DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
PRD domain / PTS-regulatory domain, PRD / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / PRD domain / PRD domain ...PRD domain / PTS-regulatory domain, PRD / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / PRD domain / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription antiterminator LicT
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Van Tilbeurgh, H. / Declerck, N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of an Activated Form of the Pts Regulation Domain from the Lict Transcriptional Antitrminator
著者: Van Tilbeurgh, H. / Lecoq, D. / Declerck, N.
履歴
登録2001年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ANTITERMINATOR LICT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3971
ポリマ－26,3971
非ポリマー00
水3,441191
1
A: TRANSCRIPTION ANTITERMINATOR LICT

A: TRANSCRIPTION ANTITERMINATOR LICT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7952
ポリマ－52,7952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.250, 129.710, 50.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION ANTITERMINATOR LICT / LICT-ANTITERMINATOR


分子量: 26397.344 Da / 分子数: 1 / 断片: PTS-REGULATORY DOMAIN RESIDUES 57-277 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 遺伝子: LICT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P39805
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION HIS207ASP, HIS269ASP POSITIVE REGULATION OF THE GLUCANASE OPERON (LICST)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 200 MM MG(AC)2, 10% PEG8000, pH 5.00
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1300 mM1dropNaCl
25 mMdithiothreitol1drop
310 mMTris1drop
46 mg/mlprotein1drop
5200 mM1reservoirMgAc2
6100 mMcacodylate1reservoir
710 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979, 0.979, 0.886
検出器日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.8861
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 37674 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2640 7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 37578 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.2798 Å2 / ksol: 0.345048 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3----0.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 0 191 2018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 446 7.3 %
Rwork0.218 5647 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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