+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h84 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COVALENT ADDUCT BETWEEN POLYAMINE OXIDASE AND N1ethylN11((cycloheptyl)methyl)4,8diazaundecane at pH 4.6 | |||||||||
![]() | POLYAMINE OXIDASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVIN-DEPENDENT AMINE OXIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polyamine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / N8-acetylspermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / plant-type cell wall / polyamine catabolic process ...polyamine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / N8-acetylspermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / plant-type cell wall / polyamine catabolic process / apoplast / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Binda, C. / Coda, A. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Bases for Inhibitor Binding and Catalysis in Polyamine Oxidase 著者: Binda, C. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 311.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 249.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 821 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 852.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
| ||||||||||||
詳細 | CHAINS A, B FORM A HOMODIMER IN THE CRYSTAL WHILE WHILE THE CHAIN C FORMS A DIMERIC WITH A SYMMETRY RELATED MOLECULE. THE PROTEIN IS ACTIVE AS A MONOMER. |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 53698.457 Da / 分子数: 3 / 断片: FAD-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
---|
-非ポリマー , 3種, 749分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NBA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NBA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | CATALYSES THE OXIDATION OF THE SECONDARY AMINO GROUP OF POLYAMINES (SPERMINE, SPERMIDINE AND THEIR ...CATALYSES THE OXIDATION OF THE SECONDARY AMINO GROUP OF POLYAMINES |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 172552 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / % possible all: 90.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. measured all: 617266 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1B37 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 1746 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rfree: 0.227 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|