PDB-1h7l: dTDP-MAGNESIUM COMPLEX OF SPSA FROM BACILLUS SUBTILIS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h7l

タイトル

dTDP-MAGNESIUM COMPLEX OF SPSA FROM BACILLUS SUBTILIS

要素

SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSA

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Tarbouriech, N. / Charnock, S.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Three-Dimensional Structures of the Mn and Mg Dtdp Complexes of the Family Gt-2 Glycosyltransferase Spsa: A Comparison with Related Ndp-Sugar Glycosyltransferases.
著者: Tarbouriech, N. / Charnock, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2001年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h7l.cif.gz	67.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h7l.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h7l_validation.pdf.gz	761.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h7l_full_validation.pdf.gz	767.2 KB	表示
XML形式データ	1h7l_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	1h7l_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h7qC 1qgqS 1qg8 1qgs S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h7q-d 1if5-d 4k0s-d 1hed-d 2xmq-3 3hku-d 5gmn-d 1qgq-d 5jeh-d 4hey-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSA

ヘテロ分子

30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.320, 142.310, 81.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2027- HOH
2	1	A-2090- HOH

#1: タンパク質	SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSA 分子量: 30090.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCEROL MAGNESIUM DTDP / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39621
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	N-TERMINAL METHIONINE CLEAVED POST-TRANSLATIONALLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %

結晶化

pH: 8 / 詳細: 15% PEG 8000, 100MM HEPES BUFFER PH 8.0

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Charnock, S.J., (1999) Acta Crystallogr., D55, 677.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	HEPES	1	drop
3	200 mM		1	drop	MgCl2
4	15 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→18 Å / Num. obs: 43230 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100
反射	PLUS 最低解像度: 18 Å / % possible obs*: 100 %
反射シェル	PLUS % possible obs*: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QGQ

1qgq

解像度: 1.98→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 5.306 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	995	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	18438	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1976	0	27	126	2129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.61	1.958	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	1.505	3	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.3	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.3	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.174	0	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.145	0	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.3	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	1.439	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.843	2	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.671	3	857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.516	4.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.276	78
R_work	0.218	1260

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2283

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 29.02 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

LS精密化シェル

*PLUS

Num. reflection R_free: 78 / R_factor obs: 0.218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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