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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h7k | ||||||
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タイトル | Formation of a tyrosyl radical intermediate in Proteus mirabilis catalase by directed mutagenesis and consequences for nucleotide reactivity | ||||||
![]() | CATALASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (H2O2 ACCEPTOR) / PEROXIDASE / IRON / HEM / HYDROGEN PEROXIDE / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Andreoletti, P. / Gambarelli, S. / Gaillard, J. / Sainz, G. / Stojanoff, V. / Jouve, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Formation of a Tyrosyl Radical Intermediate in Proteus Mirabilis Catalase by Directed Mutagenesis and Consequences for Nucleotide Reactivity. 著者: Andreoletti, P. / Gambarelli, S. / Sainz, G. / Stojanoff, V. / White, C. / Desfonds, G. / Gagnon, J. / Gaillard, J. / Jouve, H.M. #1: ![]() タイトル: Ferryl Intermediates of Catalase Captured by Time-Resolved Weissenberg Crystallography and Uv-Vis Spectroscopy 著者: Gouet, P. / Jouve, H.M. / Williams, P.A. / Andersson, I. / Andreoletti, P. / Nussaume, L. / Hajdu, J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Proteus Mirabilis Pr Catalase with and without Bound Nadph 著者: Gouet, P. / Jouve, H.M. / Dideberg, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Crystal Packing of Proteus Mirabilis Pr Catalase 著者: Jouve, H.M. / Gouet, P. / Boudjada, N. / Buisson, G. / Kahn, R. / Duee, E. #4: ![]() タイトル: The Refined Structure of Beef Liver Catalase at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Fita, I. / Silva, A.M. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 830.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 838.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cae S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55611.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: METHIONINE SULFONE IN POSITION 53, TYROSINE 337 LACK THE HYDROXYL HYDROGEN 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | MODRES: 1H7K OMT A 53() METHIONINE SULFONE (S-DIOXYMETHIONINE) MODRES: 1H7K TYR A 337() OXYGEN OF ...MODRES: 1H7K OMT A 53() METHIONINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: HANGING DROP AT 4 DEG C, pH 7.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4-5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jouve, H.M., (1991) J.Mol.Biol., 221, 1075. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9574 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.26 Å / Num. obs: 35932 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 94.6 |
反射 | *PLUS 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.251 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CAE ![]() 1cae 解像度: 2.4→29.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2727867.74 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: AMINO ACIDS 358 - 362 ARE NOT REFINED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.7587 Å2 / ksol: 0.306189 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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