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万見
- PDB-1h67: NMR Structure of the CH Domain of Calponin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h67
タイトルNMR Structure of the CH Domain of Calponin
要素CALPONIN ALPHA
キーワードCYTOSKELETON / CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN / ACTIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


actin crosslink formation / cytoskeletal anchor activity / actomyosin structure organization / actin filament / microtubule cytoskeleton organization / actin filament binding / microtubule binding / microtubule / calmodulin binding
類似検索 - 分子機能
Calponin/LIMCH1 / Calponin repeat / Calponin family repeat / Calponin-like repeat signature. / Calponin-like repeat profile. / Smooth muscle protein/calponin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain ...Calponin/LIMCH1 / Calponin repeat / Calponin family repeat / Calponin-like repeat signature. / Calponin-like repeat profile. / Smooth muscle protein/calponin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calponin-1 / Calponin-1
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bramham, J. / Smith, B.O. / Uhrin, D. / Barlow, P.N. / Winder, S.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Solution Structure of the Calponin Ch Domain and Fitting to the 3D-Helical Reconstruction of F-Actin:Calponin.
著者: Bramham, J. / Hodgkinson, J.L. / Smith, B.O. / Uhrin, D. / Barlow, P.N. / Winder, S.J.
履歴
登録2001年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALPONIN ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2671
ポリマ－12,2671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #9

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要素

#1: タンパク質 CALPONIN ALPHA


分子量: 12266.951 Da / 分子数: 1 / 断片: CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 28-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: SMOOTH MUSCLE / 器官: GIZZARD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PSG0, UniProt: P26932*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C
12115N HSQC-NOESY-CH3NH
13113C-EDITTED NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: 1MM CALPONIN CH DOMAIN
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 温度: 291 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSA.T.BRUNGER,P.D.ADAMS, G.M.CLORE,W.L.DELANO, P.GROS, R.W.GROSSE-KUNSTLEVE,J.-S.JIANG, J.KUSZEWSKI,M.NILGES,N.S.PANNU, R.J.READ, L.M.RICE,T.SIMONSON,G.L.WARREN精密化
Azara構造決定
ANSIG構造決定
CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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