PDB-1h54: Maltose phosphorylase from Lactobacillus brevis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h54

タイトル

Maltose phosphorylase from Lactobacillus brevis

要素

MALTOSE PHOSPHORYLASE

キーワード

HYDROLASE / MALTOSE METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS BREVIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Van Tilbeurgh, H. / Egloff, M.-P.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Maltose Phosphorylase from Lactobacillus Brevis: Unexpected Evolutionary Relationship with Glucoamylases.
著者: Egloff, M.-P. / Uppenberg, J. / Haalck, L. / Van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2001年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h54.cif.gz	336.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h54.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h54_validation.pdf.gz	387.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h54_full_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示
XML形式データ	1h54_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	1h54_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/1h54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/1h54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mtz-d 6wut-d 5hgv-d 2j0q-d 4wp0-d 4rpk-d 3wmx-d 5wpj-d 1nbf-d 2xsj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MALTOSE PHOSPHORYLASE

B: MALTOSE PHOSPHORYLASE

ヘテロ分子

172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.750, 102.500, 114.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MALTOSE PHOSPHORYLASE 分子量: 85829.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) LACTOBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7SIE1*PLUS, EC: 2.4.1.8
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

結晶化

pH: 6
詳細: O.1 M CITRATE, 0.03M PHOSPHATE; PH 6.0, 20% POLY ACRYLIC ACID 20000

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	8-10 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	citrate	1	drop
3	18 %	PAA20000	1	reservoir
4	0.1 M	citrate	1	reservoir
5	0.03 M	phosphate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.3
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 95868 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 11.1 Å² / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.15→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 95.7
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.076
反射シェル	PLUS % possible obs*: 95.7 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.15→29.1 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	5742	6 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.186	95793	98 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 49.1 Å² / k_sol: 0.348419 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.25 Å	0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12100	0	7	1592	13699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.74
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.28 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	892	5.8 %
R_work	0.215	14545	-
obs	-	-	95.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.173 / R_factor R_free: 0.214

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.74

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関連情報:EMDBヘッダ

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