PDB-1h3i: Crystal structure of the Histone Methyltransferase SET7/9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h3i

タイトル

Crystal structure of the Histone Methyltransferase SET7/9

要素

HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / heterochromatin organization / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wilson, J.R. / Jing, C. / Walker, P.A. / Martin, S.R. / Howell, S.A. / Blackburn, G.M. / Gamblin, S.J. / Xiao, B.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure and Functional Analysis of the Histone Methyltransferase Set7/9
著者: Wilson, J.R. / Jing, C. / Walker, P.A. / Martin, S.R. / Howell, S.A. / Blackburn, G.M. / Gamblin, S.J. / Xiao, B.

履歴

登録	2002年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1h3i.ent.gz	104.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h3i_validation.pdf.gz	375.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h3i_full_validation.pdf.gz	397.2 KB	表示
XML形式データ	1h3i_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	1h3i_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wd4-d 7kwm-d 6sxs-d 2idg-4 4rdn-d 4hc4-d 2d43-d 2f8h-d 4n18-d 5kc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE

B: HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.090, 82.830, 116.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HISTONE H3 LYSINE 4 SPECIFIC METHYLTRANSFERASE / HISTONE H3-K4 / METHYLTRANSFERASE 分子量: 32571.914 Da / 分子数: 2 / 断片: N-DOMAIN, SET-DOMAIN, RESIDUES 52-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WTS6, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: pH 7.00

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH7.0
3	100 mM		1	drop		NaCl
4	1 mM	TCEP	1	drop
5	0.2 M	magnesium formate	1	reservoir
6	25 %	PEG3350	1	reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794, 0.9394, 0.9800

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9394	1
3	0.98	1

反射

解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 37053 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.067

反射

*PLUS

最低解像度: 30 Å / % possible obs: 84 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.048

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 5.105 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1820	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	34521	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4588	0	3	344	4935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.95	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.768	3	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.794	15	781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.3	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.286	0.3	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.72	3	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.046	5	4662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.952	6	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.749	8	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.313	122
R_work	0.228	2404

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4606	0.6805	0.393	1.0678	-0.0569	3.9867	-0.0366	0.1803	0.1098	0.0288	0.0498	0.0943	0.008	0.0616	-0.0132	0.2352	0.0032	0.0411	0.5732	-0.0079	0.0881	5.127	13.514	-4.085
2	0.9984	0.6868	0.9595	1.6506	1.4734	3.9589	0.0367	-0.1079	-0.0476	0.1568	-0.1261	0.1635	0.1854	-0.1718	0.0894	0.208	-0.0058	0.026	0.5659	-0.0451	0.1117	-8.998	4.038	-19.414
3	1.6676	-0.3177	-0.931	0.7894	0.3949	2.8105	-0.049	0.0412	0.0569	0.0041	0.0116	-0.0032	-0.0742	-0.0593	0.0374	0.2357	-0.0217	-0.0558	0.5136	-0.0284	0.1068	-2.365	0.314	-43.873
4	1.1051	-0.1205	-0.5652	1.2182	-0.0508	2.8947	0.0135	-0.028	0.0634	0.0056	-0.0595	-0.0339	-0.2531	0.238	0.046	0.2546	-0.0113	-0.0483	0.5297	-0.0358	0.1034	1.276	3.743	-44.368
5	9.7671	-4.8112	-1.2122	11.2864	-2.3058	7.8401	-0.3878	-0.7989	-0.7159	0.5774	0.2769	0.9507	0.2258	-0.0797	0.1109	0.341	0.0767	0.0911	0.5515	0.0242	0.0244	-20.518	23.695	49.846
6	2.482	-0.2542	-2.2317	1.7501	0.3816	4.9226	-0.222	-0.4239	-0.1873	0.358	0.0167	-0.0867	-0.0427	0.3579	0.2053	0.2823	0.0519	-0.0233	0.5512	0.0385	0.0127	-3.871	18.562	34.434
7	0.5299	-0.0841	-0.2043	1.0621	-0.4517	1.4887	-0.0337	-0.0073	0.0478	0.0442	-0.0479	-0.0776	-0.1424	0.0126	0.0816	0.2765	0.0046	-0.0065	0.5601	-0.0183	0.1197	-4.845	27.217	10.243
8	1.0341	-0.0064	-0.1096	1.4084	-0.3782	1.9054	-0.0189	-0.0466	0.0674	-0.0416	-0.0073	0.057	-0.2415	-0.1123	0.0262	0.2864	0.0062	-0.0013	0.5287	-0.0204	0.1135	-9.753	28.098	9.751
9	0.0801	-0.1089	-0.0654	0.2213	0.1934	0.5581	-0.0172	-0.0029	-0.0272	0.0663	-0.0043	0.0231	0.0886	-0.0421	0.0215	0.226	-0.0195	-0.0023	0.5133	0.004	0.0436	-4.388	13.597	-6.573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	193 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	265 - 344
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	52 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	96 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	193 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	265 - 344
9	X-RAY DIFFRACTION	9	W	1 - 403

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.258 / R_factor R_work: 0.223

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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