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万見
- PDB-1h1j: The SAP domain is a DNA-Binding Domain Capable of Binding S/MAR DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1j
タイトルThe SAP domain is a DNA-Binding Domain Capable of Binding S/MAR DNA
要素THO1 PROTEIN
キーワードDNA BINDING / SAP DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / protein-RNA complex assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / double-stranded DNA binding / chromatin binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
THO1_MOS11, C-terminal domain / : / Tho1/MOS11 C-terminal domain / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain ...THO1_MOS11, C-terminal domain / : / Tho1/MOS11 C-terminal domain / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jacobsen, J.O.B. / Freund, S.M.V. / Bycroft, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Sap Domain is a DNA-Binding Domain Capable of Binding S/Mar DNA
著者: Jacobsen, J.O.B. / Freund, S.M.V. / Bycroft, M.
#1: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 2000
タイトル: Sap - a Putative DNA-Binding Motif Involved in Chromosomal Organization
著者: Aravind, L. / Koonin, E.V.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: A Novel Yeast Gene, Tho2, is Involved in RNA Pol II Transcription and Provides New Evidence for Transcriptional Elongation-Associated Recombination.
著者: Piruat, J.I. / Aguilera, A.
履歴
登録2002年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: THO1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5821
ポリマ－5,5821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST NOE ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 THO1 PROTEIN


分子量: 5582.212 Da / 分子数: 1 / 断片: SAP DOMAIN, RESIDUES 2-50 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PGRO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P40040
配列の詳細GLY 1, THROMBIN CLEAVAGE SITE INSERTION SER 2, THROMBIN CLEAVAGE SITE INSERTION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C-FILTERED NOESY
121TOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINED USING STANDARD TRIPLE-RESONANCE AND 3D 1H,13C- NOESY/TOCSY EXPERIMENTS ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: 1.5MM
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
Felix構造決定
Sparky構造決定
X-PLOR3.8構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. RESIDUES 45-51 ARE DISORDERED WITH NO DEFINED STRUCTURE AND NOT INCLUDED IN THE COORDINATES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST NOE ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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