[日本語] English
万見
- PDB-1h1i: CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE QUERCETN
要素QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / FLAVONOL
機能・相同性
機能・相同性情報


quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / Quercetin 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Steiner, R.A. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Anaerobic Enzyme.Substrate Structures Provide Insight Into the Reaction Mechanism of the Copper- Dependent Quercetin 2,3-Dioxygenase.
著者: Steiner, R.A. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2002年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,13933
ポリマ－151,8334
非ポリマー6,30629
水27,7251539
1
A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,28217
ポリマ－75,9162
非ポリマー3,36515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,85716
ポリマ－75,9162
非ポリマー2,94114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.298, 55.745, 124.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE


分子量: 37958.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ) / 発現宿主: ASPERGILLUS AWAMORI (カビ) / 参照: UniProt: Q7SIC2, quercetin 2,3-dioxygenase

-
糖 , 2種, 17分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1551分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物
ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン


分子量: 302.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: HANGING DROP, 21-23% PEG 8000, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1droppH6.0
321-23 %(w/v)PEG80001reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium citrate1reservoirpH5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 148198 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 69.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.75→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 7473 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 141342 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.34 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10580 0 404 1539 12523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02111376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.95715622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40651368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.25214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.56844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.392211121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39734532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6964.54501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.281 526
Rwork0.234 10220
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50250.0233-0.03180.25150.19321.0918-0.0066-0.1559-0.07750.0982-0.0621-0.06350.04320.08320.06880.0524-0.0194-0.01660.06520.03650.091367.545413.84671.374
20.73330.0427-0.12580.9358-0.03731.34350.003-0.0435-0.0129-0.0417-0.0379-0.00150.0277-0.05970.0350.0192-0.0106-0.01160.0060.00280.064757.745915.786759.9936
30.9350.0354-0.14360.393-0.14420.87210.0083-0.12020.09820.1785-0.00770.0708-0.13680.0324-0.00060.1102-0.00420.00850.12870.01740.084486.289826.1299.5089
40.66570.1498-0.03870.82330.14831.6807-0.011-0.0770.00660.12390.02440.00610.03360.1639-0.01340.05340.0204-0.00520.11750.03760.071492.564815.1790.9092
50.91380.0515-0.24210.1071-0.17281.2696-0.03450.1164-0.1241-0.1912-0.052-0.03670.17380.15870.08650.13810.02660.03740.0740.01680.102875.829210.716537.3829
60.8159-0.041-0.24591.1006-0.09641.61430.01330.0037-0.0413-0.1063-0.0665-0.16630.07250.31560.05320.0440.02260.02330.1340.05720.122285.650714.439848.2375
70.18720.07470.11790.7899-0.30330.9003-0.0147-0.07840.03650.12150.01590.0208-0.1404-0.0186-0.00120.0828-0.0023-0.01730.1098-0.03890.086121.9614-0.914425.4223
80.6414-0.2243-0.04081.035-0.0711.48290.0079-0.02140.06370.03270.007-0.1198-0.19260.1403-0.01480.0848-0.0535-0.02890.1012-0.03870.109432.52385.993117.0052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1A1357
3X-RAY DIFFRACTION1A1358
4X-RAY DIFFRACTION2A159 - 350
5X-RAY DIFFRACTION3B3 - 156
6X-RAY DIFFRACTION3B1355
7X-RAY DIFFRACTION3B1356
8X-RAY DIFFRACTION4B159 - 350
9X-RAY DIFFRACTION5C3 - 153
10X-RAY DIFFRACTION5C1357
11X-RAY DIFFRACTION5C1358
12X-RAY DIFFRACTION6C159 - 350
13X-RAY DIFFRACTION7D4 - 154
14X-RAY DIFFRACTION7D1356
15X-RAY DIFFRACTION7D1357
16X-RAY DIFFRACTION8D159 - 350
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1501 / Rfactor Rfree: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.23

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る