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- PDB-1h0i: Complex of a chitinase with the natural product cyclopentapeptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h0i
タイトルComplex of a chitinase with the natural product cyclopentapeptide argifin from Gliocladium
要素
  • ARGIFIN
  • CHITINASE B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / CHITIN DEGRADATION / ARGIFIN / INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Ribbon / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Argifin / Chitinase B
類似検索 - 構成要素
生物種SERRATIA MARCESCENS (霊菌)
GLIOCLADIUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Houston, D.R. / Shiomi, K. / Arai, N. / Omura, S. / Peter, M.G. / Turberg, A. / Synstad, B. / Eijsink, V.G.H. / Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: High Resolution Inhibited Complexes of a Chitinase with Natural Product Cyclopentapeptides - Peptide Mimicry of a Carbohydrate Substrate
著者: Houston, D.R. / Shiomi, K. / Arai, N. / Omura, S. / Peter, M.G. / Turberg, A. / Synstad, B. / Eijsink, V.G.H. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2002年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32017年8月30日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02023年1月25日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年3月15日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 3.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE B
B: CHITINASE B
C: ARGIFIN
D: ARGIFIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,08921
ポリマ－112,4834
非ポリマー1,60517
水18,4831026
1
A: CHITINASE B
C: ARGIFIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8108
ポリマ－56,2422
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CHITINASE B
D: ARGIFIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,27913
ポリマ－56,2422
非ポリマー1,03711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.767, 103.908, 186.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHITINASE B


分子量: 55548.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P11797, chitinase
#2: タンパク質・ペプチド ARGIFIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 693.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) GLIOCLADIUM (菌類) / 参照: Argifin
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7
詳細: 20% GLYCEROL, 0.1M HEPES PH 7 1.4M AMMONIUM SULPHATE
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: van Aalten, D.M.F., (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 97, 5842.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMcitrate1reservoir
30.5 M1reservoirLi2SO4
40.25 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.953736
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 72253 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 234279
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. unique obs: 6453 / Num. measured obs: 17389

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+15 / 解像度: 2→34.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2739303.92 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 722 1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 72008 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.94 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2--10.22 Å20 Å2
3----9.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7889 0 92 1026 9007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 61 0.9 %
Rwork0.282 6498 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ARGIFIN.PARAMARGIFIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor Rfree: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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