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- PDB-1gxm: Family 10 polysaccharide lyase from Cellvibrio cellulosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxm
タイトルFamily 10 polysaccharide lyase from Cellvibrio cellulosa
要素PECTATE LYASE
キーワードLYASE / PECTATE / ELIMINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Pectic acid lyase / Pectic acid lyase / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate binding module (family 6) / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily ...Pectic acid lyase / Pectic acid lyase / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate binding module (family 6) / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyltransferase - #20 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CELLVIBRIO CELLULOSA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Charnock, S.J. / Brown, I.E. / Turkenburg, J.P. / Black, G.W. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Convergent Evolution Sheds Light on the Anti-Beta-Elimination Mechanism Common to Family 1 and 10 Polysaccharide Lyases
著者: Charnock, S.J. / Brown, I.E. / Turkenburg, J.P. / Black, G.W. / Davies, G.J.
履歴
登録2002年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PECTATE LYASE
B: PECTATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7926
ポリマ－73,4232
非ポリマー3684
水15,043835
1
A: PECTATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9884
ポリマ－36,7121
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PECTATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8042
ポリマ－36,7121
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.670, 106.113, 55.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99956, 0.02751, 0.01066), (0.02785, -0.99907, -0.03289), (0.00974, 0.03317, -0.9994)
ベクター: -2.46408, 142.66696, 80.98895)

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要素

#1: タンパク質 PECTATE LYASE / POLYGALACTURONIC ACID LYASE


分子量: 36711.668 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 327-649 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CELLVIBRIO CELLULOSA (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9F7L3, pectate lyase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: CRYSTALS OF PEL10ACM WERE GROWN BY VAPOUR-PHASE DIFFUSION USING THE HANGING-DROP METHOD WITH SCREENING AS DESCRIBED BY BRZOZOWSKI & WALTON (2001 [[BRZOZOWSKI, A.M. & WALTON, J. (2001). J. ...詳細: CRYSTALS OF PEL10ACM WERE GROWN BY VAPOUR-PHASE DIFFUSION USING THE HANGING-DROP METHOD WITH SCREENING AS DESCRIBED BY BRZOZOWSKI & WALTON (2001 [[BRZOZOWSKI, A.M. & WALTON, J. (2001). J. APPL. CRYST. 34, 97-101.]] ). THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 30 MG ML-1 IN NA MES BUFFER PH 5.2 CONTAINING KSCN AT A CONCENTRATION OF 200 MM. THE PRECIPITANT WAS 20%(W/V) MONOMETHYL POLYETHYLENEGLYCOL 2000 AND CRYSTALS APPEARED AFTER 2 D AT 291 K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Charnock, S.J., (2001) Acta Crystallogr., D57, 1141.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 mg/mlprotein1drop
3200 mM1dropKSCN
420 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
2sodium MES1droppH5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9366
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 112216 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.32→1.35 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 35.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.08精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.32→15.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.772 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 5557 5 %RANDOM
Rwork0.13 ---
obs0.132 106610 86.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.48 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→15.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5127 0 24 835 5986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9247219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.916310614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.375654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40423.86272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75315842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6251538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2750.25606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23013
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.53235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59925169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12632099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1684.52050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.35 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 152
Rwork0.183 3216
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.162 / Rfactor Rwork: 0.13
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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