PDB-1gwc: The structure of a tau class glutathione S-transferase from wheat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gwc

タイトル

The structure of a tau class glutathione S-transferase from wheat, active in herbicide detoxification

要素

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

キーワード

TRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / HERBICIDE DETOXIFICATION / PLANT / TAU CLASS

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

AEGILOPS TAUSCHII (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Thom, R. / Cummins, I. / Dixon, D.P. / Edwards, R. / Cole, D.J. / Lapthorn, A.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of a Tau Class Glutathione S-Transferase from Wheat Active in Herbicide Detoxification
著者: Thom, R. / Cummins, I. / Dixon, D.P. / Edwards, R. / Cole, D.J. / Lapthorn, A.J.

履歴

登録	2002年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年2月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gwc.cif.gz	156.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gwc.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gwc_validation.pdf.gz	495.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gwc_full_validation.pdf.gz	512 KB	表示
XML形式データ	1gwc_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	1gwc_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eemS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pmt-d 2pvq-d 3f6f-d 5o84-d 3w8s-d 4j2f-d 6jke-1 6t2t-d 3gh6-d 2iyu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

ヘテロ分子

76 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.982, 152.389, 146.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2104- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 224 / Label seq-ID: 4 - 224

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.50012, -0.86595, -0.00012), (0.86595, 0.50012, 6.0E-5), (1.0E-5, -0.00014, 1)	43.99229, -76.18657, 24.45922
2	given	(0.50121, -0.86533, -0.0005), (-0.86533, -0.50121, 8.0E-5), (-0.00032, 0.00039, -1)	43.91304, 76.18964, 122.32704

#1: タンパク質	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE TSI-1 / TAGSTU4-4 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 分子量: 24859.732 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AEGILOPS TAUSCHII (植物) / 組織: SHOOTS 解説: WHEAT SEEDLINGS TREATED FOR 7 DAYS WITH THE WHEAT SAFENER FENCHLORAZOLE-ETHYL プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: O04941, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GTX / S-HEXYLGLUTATHIONE 分子量: 392.491 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	WHEAT SEEDLINGS TREATED FOR 7 DAYS WITH THE WHEAT SAFENER FENCHLORAZOLE-ETHYL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: SITTING DROP METHOD WITH 1 MICROLITRE PROTEIN (10 MG/ML) AND 1 MICROLITRE WELL SOLUTION (1.1-1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M LITHIUM SULPHATE 0.1M TRIS HCL PH 7.5 WITH 5MM S-HEXYLGLUTATHIONE)

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.5
3	1.1-1.5 M	ammonium sulfate	1	reservoir
4	0.2 M	lithium sulfate	1	reservoir
5	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5
6	5 mM	S-hexylglutathione	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月15日 / 詳細: ELLIPSOIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→53 Å / Num. obs: 44559 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80
反射	PLUS 最低解像度*: 53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EEM

1eem

解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 7.362 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	2178	5.1 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.159	2150	90 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5071	0	93	711	5875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.35	1.993	7183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	1.415	3	11659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.3	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.3	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.217	0	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.377	0.3	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.3	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.307	1.5	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.427	2	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.792	3	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.282	4.5	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1282	tight positional	0.05	0.05
2	B	1282	tight positional	0.05	0.05
3	C	1282	tight positional	0.05	0.05
1	A	2004	medium positional	0.32	0.5
2	B	2004	medium positional	0.28	0.5
3	C	2004	medium positional	0.39	0.5
1	A	1282	tight thermal	0.34	0.5
2	B	1282	tight thermal	0.33	0.5
3	C	1282	tight thermal	0.31	0.5
1	A	2004	medium thermal	0.81	2
2	B	2004	medium thermal	0.84	2
3	C	2004	medium thermal	0.84	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.282	125
R_work	0.171	2150

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7893	0.0457	-0.108	1.3679	-0.2611	0.8278	0.0289	0.0323	0.0524	-0.0689	-0.0037	0.0583	-0.0123	0.1	-0.0253	0.08	-0.0028	-0.0003	0.0001	-0.0015	0.0548	49.661	-5.494	61.289
2	0.9196	0.2799	-0.2102	0.3735	-0.1827	0.5094	-0.0215	0.0959	0.0663	-0.0378	0.0496	0.0589	0.0419	-0.0861	-0.0281	0.0569	-0.0099	-0.0073	0.0094	-0.0053	0.0622	64	30.308	36.898
3	1.0721	0.1886	-0.2214	0.5484	-0.1008	0.3778	0.031	-0.0534	0.1449	0.0062	-0.0157	0.0216	-0.0962	0.132	-0.0152	0.1046	-0.0234	-0.004	0.035	-0.0082	0.0745	73.663	36.031	60.976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1225
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1226
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1225
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1226
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1226
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1227

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 40929 / R_factor obs: 0.157 / R_factor R_free: 0.211 / R_factor R_work: 0.157

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.26

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor obs: 0.171

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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