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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gvf | ||||||
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タイトル | Structure of tagatose-1,6-bisphosphate aldolase | ||||||
要素 | TAGATOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE AGAY | ||||||
キーワード | LYASE / ZINC. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Hall, D.R. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structure of Tagatose-1,6-Bisphosphate Aldolase; Insight Into Chiral Discrimination, Mechanism and Specificity of Class II Aldolases 著者: Hall, D.R. / Bond, C.S. / Leonard, G.A. / Watt, C.I. / Berry, A. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY A 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gvf.cif.gz | 255.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gvf.ent.gz | 207 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gvf_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gvf_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gvf_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gvf_validation.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/1gvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/1gvf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.02797, -0.99947, -0.01649), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31330.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P42908, UniProt: P0AB74*PLUS, tagatose-bisphosphate aldolase |
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-非ポリマー , 5種, 678分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER WHICH BY MEANS OF A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY ...THE ASYMMETRIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % 解説: WAVELENGTHS QUOTED ARE FOR MAD PEAK, MAD INFLECTION POINT, MAD REMOTE 1, MAD REMOTE2, INHOUSE REFINEMENT, ID14-EH2 HIGH RES REFINEMENT DATA SETS RESPECTIVELY EXPERIMENTAL STATISTICS QUOTED ...解説: WAVELENGTHS QUOTED ARE FOR MAD PEAK, MAD INFLECTION POINT, MAD REMOTE 1, MAD REMOTE2, INHOUSE REFINEMENT, ID14-EH2 HIGH RES REFINEMENT DATA SETS RESPECTIVELY EXPERIMENTAL STATISTICS QUOTED FOR COMBINED INHOUSE AND HIGH RES DATA SET USED FOR REFINEMENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.282,1.283,1.127,1.030, 1.5418,0.933 | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR, RAXIS / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.45→29.8 Å / Num. obs: 1086028 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.9 | |||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 131455 / Num. measured all: 1086028 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.45→10 Å / Num. parameters: 47082 / Num. restraintsaints: 56585 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ARP/WARP WITH REFMAC USED FIRST FOLLOWED BY CNS THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS DUE TO DISORDER: SER A 151 LYS A 185 LYS A 188 ARG A 257 SER A 285 GLU B 150 SER B 151 LYS B 185 LYS B 188 GLU B 216
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 4167 / Occupancy sum non hydrogen: 4926.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.13 / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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