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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gtq | ||||||
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タイトル | 6-PYRUVOYL TETRAHYDROPTERIN SYNTHASE | ||||||
要素 | 6-PYRUVOYL TETRAHYDROPTERIN SYNTHASE | ||||||
キーワード | TETRAHYDROBIOPTERIN BIOSYNTHESIS / PHOSPHATE ELIMINATION / PTERINE SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Nar, H. / Huber, R. / Heizmann, C.W. / Thoeny, B. / Buergisser, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994 タイトル: Three-dimensional structure of 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase, an enzyme involved in tetrahydrobiopterin biosynthesis. 著者: Nar, H. / Huber, R. / Heizmann, C.W. / Thony, B. / Burgisser, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gtq.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gtq.ent.gz | 61.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gtq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gtq_validation.pdf.gz | 375.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gtq_full_validation.pdf.gz | 380.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gtq_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gtq_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15875.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 器官: LIVER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27213, EC: 4.6.1.10 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→21.2 Å / Num. obs: 22612 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.116 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.116 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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