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- PDB-1gtj: Crystal structure of the thermostable serine-carboxyl type protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gtj
タイトルCrystal structure of the thermostable serine-carboxyl type proteinase, kumamolisin (KSCP) - complex with Ac-Ile-Ala-Phe-cho
要素
  • ALDEHYDE INHIBITOR
  • KUMAMOLYSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE-CARBOXYL TYPE PROTEINASE / THERMOSTABLE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


kumamolysin / tripeptidyl-peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / : / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain ...Peptidase S53, activation domain / Sedolisin domain / : / Pro-kumamolisin, activation domain / Sedolisin domain profile. / Pro-kumamolisin, activation domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AIAF, ACE ILE ALA PHL / Kumamolisin
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS NOVOSP. MN-32 (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Comellas-Bigler, M. / Fuentes-Prior, P. / Maskos, K. / Huber, R. / Oyama, H. / Uchida, K. / Dunn, B.M. / Oda, K. / Bode, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The 1.4 A Crystal Structure of Kumamolysin. A Thermostable Serine-Carboxyl-Type Proteinase
著者: Comellas-Bigler, M. / Fuentes-Prior, P. / Maskos, K. / Huber, R. / Oyama, H. / Uchida, K. / Dunn, B.M. / Oda, K. / Bode, W.
履歴
登録2002年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32017年2月8日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42018年2月28日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52019年9月4日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: KUMAMOLYSIN
2: KUMAMOLYSIN
3: ALDEHYDE INHIBITOR
4: ALDEHYDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6298
ポリマ－73,3574
非ポリマー2724
水6,720373
1
1: KUMAMOLYSIN
3: ALDEHYDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8154
ポリマ－36,6782
非ポリマー1362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
2
2: KUMAMOLYSIN
4: ALDEHYDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8154
ポリマ－36,6782
非ポリマー1362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.760, 78.170, 72.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 KUMAMOLYSIN


分子量: 36317.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS NOVOSP. MN-32 (バクテリア)
解説: BACTERIUM FOUND IN HOTSPRING WATER NEAR VOLCANOES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: Q8RR56
#2: タンパク質・ペプチド ALDEHYDE INHIBITOR


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 361.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: AIAF, ACE ILE ALA PHL
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE UNBOUND INHIBITOR (CHAIN 3/4) IS ACE-ILE-ALA-PHA, N-ACETYL-L- ISOLEUCYL-N-[(2S)-1-OXO-3- ...THE UNBOUND INHIBITOR (CHAIN 3/4) IS ACE-ILE-ALA-PHA, N-ACETYL-L- ISOLEUCYL-N-[(2S)-1-OXO-3-PHENYLPROPAN-2-YL]-L-ALANINAMIDE WITH C- TERMINAL PHENYLALANINAL. UPON REACTION THE INHIBITOR COVALENTLY BINDS TO THE OG ATOM OF SER 278 OF THE ENZYME (CHAIN 1/2) FORMING A TETRAHEDRAL HEMIACETAL. DUE TO THE CHEMICAL CHANGE, THE C-TERMINAL RESIDUE IS REPRESENTED IN SEQUENCE AS PHL, PHENYLALANINOL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化pH: 4.5
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 400 MM AMMONIUM SULPHATE
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
19 mg/mlprotein1drop
225 mM1dropNaCl
350 mMsodium acetate1droppH5.
40.4 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→24.87 Å / Num. obs: 55526 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / 最低解像度: 24.87 Å / Num. obs: 55533 / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 114754
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / % possible obs: 90.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GA1

1ga1


解像度: 1.75→24.87 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 -3.6 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 55522 90.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.594 Å20 Å21.962 Å2
2--0.154 Å20 Å2
3---1.439 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5180 0 12 373 5565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 53281 / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.195 / 最高解像度: 1.78 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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