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- PDB-1gtd: NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG ID TT50) STRUCTURE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gtd
タイトルNORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG ID TT50) STRUCTURE OF MTH169, THE PURS SUBUNIT OF FGAM SYNTHETASE
要素MTH169
キーワードLIGASE / SYNTHETASE / FGAM SYNTHETASE / PURINE SYNTHESIS PATHWAY / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NESG / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mth169; Chain: A , / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Batra, R. / Christendat, D. / Saxild, H.H. / Arrowsmith, C. / Tong, L.
引用
ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Mth169, a Crucial Component of Phosphoribosylformylglycinamidine Synthetase
著者: Batra, R. / Christendat, D. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Tong, L.
#1: ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl. / 年: 2000
タイトル: The Yexa Gene Product is Required for Phosphoribosylformylglycinamidine Synthetase Activity in Bacillus Subtilis.
著者: Saxild, H.H. / Nygaard, P.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年8月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTH169
B: MTH169


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1152
ポリマ－20,1152
非ポリマー00
水1,49583
1
A: MTH169
B: MTH169

A: MTH169
B: MTH169


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2304
ポリマ－40,2304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-53.1 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 53.800, 142.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9881, -0.0032, -0.1536), (-0.0022, -1, 0.0065), (-0.1536, -0.0061, -0.9881)
ベクター: 0.3516, 60.9978, 4.1807)

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要素

#1: タンパク質 MTH169


分子量: 10057.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM (古細菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26271
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE THREE C-TERMINAL RESIDUES ARE PART OF HIS-TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 32%(V/V) MPD, 0.1M SODIUM CITRATE (PH 5.6) AND 0.2M AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793
検出器日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 7888 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 54.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.56→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 625704 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 882 7.6 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 11570 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.7459 Å2 / ksol: 0.342124 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å20 Å20 Å2
2--2.56 Å20 Å2
3----5.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1318 0 0 83 1401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 121 7.5 %
Rwork0.306 1503 -
obs--76.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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