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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gso | ||||||
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タイトル | GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE (GAR-SYN) FROM E. COLI. | ||||||
要素 | PROTEIN (GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE) | ||||||
キーワード | LIGASE / GAR-SYN / GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE / ATP-GRASP / PURINE DE NOVO BIOSYNTHETIC PATHWAY / SUBSTRATE CHANNELING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine nucleobase biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, W. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: X-ray crystal structure of glycinamide ribonucleotide synthetase from Escherichia coli. 著者: Wang, W. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Data from Selenomethione Glycinamide Ribonucleotide Synthetase 著者: Weaver, T.M. / Wang, W. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gso.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gso.ent.gz | 74.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gso_validation.pdf.gz | 413.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gso_full_validation.pdf.gz | 420.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gso_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gso_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gso | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46283.527 Da / 分子数: 1 / 変異: P294L / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: B834(DE3) / 株: TX635 / 参照: UniProt: P15640, phosphoribosylamine-glycine ligase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1M MES PH6.3, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 26% PEG 5K MONOMETHYLETHER, HANGING DROP VAPOR DEFFUSION, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979419, 0.979104, 0.967642, 0.9190 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 58385 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 4.3 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 17.4 / % possible all: 83.9 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.043 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.9 % / Num. unique obs: 7256 / Rmerge(I) obs: 0.174 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.307 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.298 |