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- PDB-1gqh: Quercetin 2,3-dioxygenase in complex with the inhibitor kojic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqh
タイトルQuercetin 2,3-dioxygenase in complex with the inhibitor kojic acid
要素QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 5-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-4H-PYRAN-4-ONE / Quercetin 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Steiner, R.A. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Functional Analysis of the Copper-Dependent Quercetin 2,3-Dioxygenase.1.Ligand-Induced Coordination Changes Probed by X-Ray Crystallography: Inhibition, Ordering Effect and Mechanistic Insights
著者: Steiner, R.A. / Kooter, I.M. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2001年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,81828
ポリマ－151,8334
非ポリマー5,98524
水18,3571019
1
B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,60713
ポリマ－75,9162
非ポリマー2,69011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-2.35 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
2
A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,21115
ポリマ－75,9162
非ポリマー3,29513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint2.77 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.640, 55.396, 124.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE


分子量: 37958.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ) / 発現宿主: ASPERGILLUS AWAMORI (カビ) / 参照: UniProt: Q7SIC2*PLUS, quercetin 2,3-dioxygenase

-
糖 , 4種, 16分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 1027分子

#5: 化合物
ChemComp-KOJ / 5-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-4H-PYRAN-4-ONE / コウジ酸


分子量: 142.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O4
#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: HANGING DROP, 21-23% PEG 8000, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2, 10 MM NA DIETHYLDITHIOCARBAMATE
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1droppH6.0
321-23 %(w/v)PEG80001reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium citrate1reservoirpH5.2
610 mMDDC1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.033
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→38.07 Å / Num. obs: 72101 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 86.5
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 150878 / Rmerge(I) obs: 0.13
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.15→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.751 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3587 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.181 68127 89.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10336 0 379 1019 11734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02111065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3591.95515189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.35357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.14608
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.3194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.565
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4841.56654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.885210785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66234411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6284.54404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 239
Rwork0.205 4883
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75580.03880.01690.62980.34420.88580.0201-0.0778-0.03070.1202-0.0578-0.09960.05140.04360.03770.0479-0.0076-0.02350.06650.01940.066967.353413.891871.2971
20.6535-0.004-0.09831.030.21751.0531-0.0033-0.0245-0.017-0.0325-0.00210.038-0.0081-0.12730.00540.0073-0.0062-0.01830.0455-0.00390.055357.061415.860459.7488
30.6583-0.147-0.20680.4839-0.08050.4812-0.0094-0.14250.09120.14090.01120.0681-0.07290.0465-0.00170.0904-0.01040.00460.1288-0.00880.08785.725225.75419.2635
40.45910.0862-0.02580.87220.17961.2033-0.029-0.094-0.02810.10390.0264-0.00840.09160.11880.00250.0410.0174-0.01170.1010.01880.080492.108114.01210.1034
50.72190.1089-0.24350.5240.01430.9333-0.01930.1202-0.1091-0.23870.0015-0.02170.12240.03290.01780.1150.00860.02120.08930.00040.085475.209110.748537.2685
60.80390.1613-0.21060.9557-0.24431.17450.0168-0.0163-0.0216-0.0896-0.0327-0.21310.01280.22170.01590.04840.01640.00740.10110.01440.119486.049215.317649.0105
70.1690.24080.06240.6164-0.32670.79360.0022-0.07580.05910.15610.00670.0664-0.121-0.0266-0.00890.1017-0.0034-0.01440.0813-0.01850.088521.9608-0.896525.661
80.7009-0.07780.0711.0276-0.17761.37680.0499-0.02240.07160.0564-0.0266-0.1454-0.16870.1752-0.02330.0775-0.0401-0.02390.0884-0.01250.100833.76586.228116.4438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1A1352
3X-RAY DIFFRACTION1A1351
4X-RAY DIFFRACTION2A163 - 350
5X-RAY DIFFRACTION3B3 - 153
6X-RAY DIFFRACTION3B1352
7X-RAY DIFFRACTION3B1351
8X-RAY DIFFRACTION4B168 - 350
9X-RAY DIFFRACTION5C3 - 154
10X-RAY DIFFRACTION5C1352
11X-RAY DIFFRACTION5C1351
12X-RAY DIFFRACTION6C170 - 350
13X-RAY DIFFRACTION7D4 - 153
14X-RAY DIFFRACTION7D1352
15X-RAY DIFFRACTION7D1351
16X-RAY DIFFRACTION8D170 - 350
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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