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万見
- PDB-1gqa: Cytochrome c' from Rhodobacter Spheriodes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gqa
タイトルCytochrome c' from Rhodobacter Spheriodes
要素CYTOCHROME C'
キーワードELECTRON TRANSPORT / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kantardjieff, K.A. / Rupp, B.
引用ジャーナル: J.Chem.Cryst. / 年: 2003
タイトル: High Resolution Crystal Structure of Ferricytochrome C' from Rhodobacter Sphaeroides
著者: Ramirez, L.M. / Axelrod, H.L. / Herron, S.R. / Rupp, B. / Allen, J.P. / Kantardjieff, K.A.
履歴
登録2001年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_biol
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C'
D: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0894
ポリマ－26,8522
非ポリマー1,2372
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.100, 48.100, 115.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.508819, 0.860871, 0.002075), (0.860576, 0.508705, -0.025043), (-0.022615, -0.010957, -0.999684)
ベクター: 71.5396, -2.8482, -113.4344)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C' / FERRICYTOCHROME C'


分子量: 13426.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC / 参照: UniProt: P00148
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE 2 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE(S) : RESIDUE GLY 117 ...THERE ARE 2 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE(S) : RESIDUE GLY 117 (THR IN THE P00148 ENTRY) AND RESIDUE THR 118 (GLY IN THE P00148 ENTRY) APPEAR TO SWAPPED. FROM THE ELECTRON DENSITY IT IS EVIDENT THAT RESIDUE 117 IS IN FACT GLY AND 118 IS THERONINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 12MG/ML, 5+5 UL HANGING DROP, NA-ACETATE 25MM PH4.5, PEG 8000 15%, pH 4.50
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1droppH4.5
320 %(w/v)PEG80001reservoir
450 mMsodium phosphate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31 Å / Num. obs: 24077 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 56.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 31 Å / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 67416 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57 % / Num. unique obs: 2553 / Num. measured obs: 5617 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
EPMR位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CPQ

1cpq


解像度: 1.8→25 Å / SU B: 5.276 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25374 2408 10 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.20948 21666 86.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 86 291 2263
精密化
*PLUS
最低解像度: 31 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.745
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.85 Å / Rfactor Rfree: 0.351 / Rfactor Rwork: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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