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- PDB-1gpj: Glutamyl-tRNA Reductase from Methanopyrus kandleri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gpj
タイトルGlutamyl-tRNA Reductase from Methanopyrus kandleri
要素Glutamyl-tRNA reductase
キーワードREDUCTASE / TRNA-DEPENDENT TETRAPYRROLE BIOSYNTHESIS / GLUTAMYL TRNA- REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamyl-tRNA reductase / glutamyl-tRNA reductase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process from glutamate / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain / Glutamyl-tRNA reductase / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal / Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNA reductase, conserved site / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain superfamily / Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain superfamily / Glutamyl-tRNAGlu reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNAGlu reductase, N-terminal domain ...Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain / Glutamyl-tRNA reductase / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal / Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNA reductase, conserved site / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain superfamily / Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain superfamily / Glutamyl-tRNAGlu reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNAGlu reductase, N-terminal domain / Glutamyl-tRNA reductase signature. / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Beta Polymerase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / GLUTAMIC ACID / Chem-GMC / Glutamyl-tRNA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Moser, J. / Schubert, W.-D. / Beier, V. / Bringemeier, I. / Jahn, D. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: V-shaped structure of glutamyl-tRNA reductase, the first enzyme of tRNA-dependent tetrapyrrole biosynthesis.
著者: Moser, J. / Schubert, W.D. / Beier, V. / Bringemeier, I. / Jahn, D. / Heinz, D.W.
履歴
登録2001年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0734
ポリマ－45,4401
非ポリマー6343
水6,359353
1
A: Glutamyl-tRNA reductase
ヘテロ分子

A: Glutamyl-tRNA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1468
ポリマ－90,8792
非ポリマー1,2676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.267, 98.650, 68.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2021-

HOH

21A-2127-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA reductase / GluTR


分子量: 45439.516 Da / 分子数: 1 / 断片: WHOLE MOLECULE, RESIDUES 1-404 / 変異: Cys to Ser / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 解説: DSM 6324, GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 遺伝子: hemA, MK0200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UXR8, glutamyl-tRNA reductase
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-GMC / (2R,3R,4S,5S)-4-AMINO-2-[6-(DIMETHYLAMINO)-9H-PURIN-9-YL]-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-3-FURANOL / 6N-DIMETHYL-3'-DEOXY-AMINO-ADENOSINE / プロマイシンアミノヌクレオシド


分子量: 294.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N6O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ALL CYSTEINES REPLACED BY SERINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: METHOD: HANGING DROP, TEMP.: 4C, PROTEIN CONCENTRATION: 9.8 MG/ML, PRECIPITANT: 30 MPD, BUFFER: 100MM HEPES PH 7.5, SALT: 200MM NACL, 200MM NACITRATE, 2MM MGCL2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
19.6 mg/mlprotein1drop
20.2 M1reservoirNaCl
32 mM1reservoirMgCl2
4100 mMHEPES1reservoirpH7.5
50.2 Msodium citrate1reservoir
630 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30.7 Å / Num. obs: 32681 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 69.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→69 Å / SU B: 7.199 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.191
詳細: RESIDUES 356-360 ARE NOT VISIBLE AND ARE NOT MODELLED. NEIGBOURING REGIONS AS WELL AS RESIDUES 384- 390 HAVE POORLY DEFINED STEREOCHEMISTY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1641 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-30507 91.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 43 353 3544
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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