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- PDB-1go3: Structure of an archeal homolog of the eukaryotic RNA polymerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1go3
タイトルStructure of an archeal homolog of the eukaryotic RNA polymerase II RPB4/RPB7 complex
要素
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Helix Hairpins / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 ...Helix Hairpins - #10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Helix Hairpins / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Todone, F. / Brick, P. / Werner, F. / Weinzierl, R.O.J. / Onesti, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structure of an Archaeal Homolog of the Eukaryotic RNA Polymerase II Rpb4/Rpb7 Complex
著者: Todone, F. / Brick, P. / Werner, F. / Weinzierl, R.O.J. / Onesti, S.
履歴
登録2001年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EB" AND "MB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EB" AND "MB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F
M: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1784
ポリマ－67,1784
非ポリマー00
水5,909328
1
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5892
ポリマ－33,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
M: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5892
ポリマ－33,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.391, 92.391, 91.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.12195, -0.99217, 0.02686), (-0.99104, 0.12024, -0.05813), (0.05445, -0.0337, -0.99795)
ベクター: 49.01272, 44.36161, 123.15306)

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E


分子量: 21246.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
解説: CO-EXPRESSED USING A BICISTRIONIC EXPRESSION STRATEGY
プラスミド: PGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57840, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT F


分子量: 12342.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
解説: CO-EXPRESSED USING A BICISTRIONIC EXPRESSION STRATEGY
プラスミド: PGEX-2TX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60351, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 100 MM TRIS/ HCL 1.3-1.4 M AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE, pH 4.60
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMMES1droppH6.5
2100 mM1dropNaCl
310 mMbeta-mercaptoethanol1drop
420-25 mg/mlprotein1drop
51.3-1.6 M1reservoirNH4H2PO4
6100 mMTris-HCl1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.8 Å / Num. obs: 76814 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 28 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.75→27.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2534087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3899 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 76811 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODE / Bsol: 60.16 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.07 Å20 Å20 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---4.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4367 0 0 328 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 643 5.1 %
Rwork0.244 12039 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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