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- PDB-1gne: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gne
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE OF SCHISTOSOMA JAPONICUM FUSED WITH A CONSERVED NEUTRALIZING EPITOPE ON GP41 OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lim, K. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Gilliland, G.L. / Ji, X. / Ruker, F. / Carter, D.C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of Schistosoma japonicum glutathione S-transferase fused with a six-amino acid conserved neutralizing epitope of gp41 from HIV.
著者: Lim, K. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Gilliland, G.L. / Ji, X. / Ruker, F. / Carter, D.C.
#1: ジャーナル: PROTEIN PEPT.LETT. / 年: 1994
タイトル: Fusion Proteins as Alternate Crystallization Paths to Difficult Structure Problems
著者: Carter, D.C. / Ruker, F. / Ho, J.X. / Lim, K. / Keeling, K. / Gilliland, G.L. / Ji, X.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Molecular Structure at 1.8 Angstroms of Mouse Liver Class Pi Glutathione S-Transferase Complexed with S-(P-Nitrobenzyl)Glutathione and Other Inhibitors
著者: Garcia-Saez, I. / Parraga, A. / Phillips, M.F. / Mantle, T.J. / Coll, M.
#3: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1993
タイトル: Glutathione Proteins
著者: Gilliland, G.L.
#4: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1993
タイトル: A Conserved Neutralizing Epitope on Gp41 of Human Immunodeficiency Virus Type 1
著者: Muster, T. / Steindl, F. / Purtscher, M. / Trkola, A. / Klima, A. / Himmler, G. / Ruker, F. / Katinger, H.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure Determination and Refinement of Human Alpha Class Glutathione Transferase A1-1, and a Comparison with the Mu and Pi Class Enzymes
著者: Sinning, I. / Kleywegt, G.J. / Cowan, S.W. / Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Huber, R. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N. / Ji, X. / Board, P.G. / Olin, B. / Mannervik, B. / Jones, T.A.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferase from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of Class P Glutathione S-Transferase from Human Placenta in Complex with S-Hexylglutathione at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Lobello, M. / Federici, G. / Parker, M.W.
#8: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Class P Glutathione S-Transferase in Complex with Glutathione Sulfonate at 2.3 Angstroms Resolution
著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Schiffer, J. / Gallay, O. / Huber, R.
#9: ジャーナル: Gene / 年: 1988
タイトル: Single-Step Purification of Polypeptides Expressed in Escherichia Coli as Fusions with Glutathione S-Transferase
著者: Smith, D.B. / Johnson, K.S.
#10: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Correction
著者: Smith, D.B. / Davern, K.M. / Board, P.G. / Tiu, W.U. / Garcia, E.G. / Mitchell, G.F.
#11: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Mr 26,000 Antigen of Schistosoma Japonicum Recognized by Resistant Wehi 129(Slash)J Mice is a Parasite Glutathione S-Transferase
著者: Smith, D.B. / Davern, K.M. / Board, P.G. / Tiu, W.U. / Garcia, E.G. / Mitchell, G.F.
履歴
登録1994年6月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月21日Group: Non-polymer description
改定 1.42013年2月20日Group: Database references
改定 1.52017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.62019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.72019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.82023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3992
ポリマ－27,0911
非ポリマー3071
水2,270126
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7984
ポリマ－54,1832
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)94.740, 94.740, 58.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 55 / 2: CIS PROLINE - PRO 201
3: HIS 214 - PRO 215 OMEGA = 246.61 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 27091.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: GP41 / 器官: LIVER / 遺伝子 (発現宿主): GP41 / 参照: UniProt: P08515, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
260 %(w/v)PEG33501drop
350 mMpotassium phosphate1drop
460 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 8485 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.117

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
GPRLSA精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.219 -
obs0.219 7622
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 20 126 2051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.030.023
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.040.034
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.20.269
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it21.269
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it21.95
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.51.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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