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- PDB-1gmz: Crystal structure of the D49 phospholipase A2 piratoxin III from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmz
タイトルCrystal structure of the D49 phospholipase A2 piratoxin III from Bothrops pirajai.
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / NEUROTOXIC / BOTHROPS PIRAJAI
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-3
類似検索 - 構成要素
生物種BOTHROPS PIRAJAI (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rigden, D.J. / Lee, W.H. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: The Structure of the D49 Phospholipase A2 Piratoxin III from Bothrops Pirajai Reveals Unprecedented Structural Displacement of the Calcium-Binding Loop: Possible Relationship to ...タイトル: The Structure of the D49 Phospholipase A2 Piratoxin III from Bothrops Pirajai Reveals Unprecedented Structural Displacement of the Calcium-Binding Loop: Possible Relationship to Cooperative Substrate Binding
著者: Rigden, D.J. / Hwa, L. / Marangoni, S. / Toyama, M. / Polikarpov, I.
履歴
登録2001年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8324
ポリマ－27,7122
非ポリマー1202
水2,432135
1
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8324
ポリマ－27,7122
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
手法PQS
2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8324
ポリマ－27,7122
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.019, 100.937, 48.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2013-

HOH

21B-2010-

HOH

31B-2031-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99992, 0.006062, 0.011136), (-0.006199, -0.999905, -0.012292), (0.011061, -0.01236, 0.999862)
ベクター: 6.889, 23.774, -0.318)

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13856.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOTHROPS PIRAJAI (ヘビ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P58464*PLUS, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NOT YET DEPOSITED IN SEQUENCE DATABASES RESIDUE UNK(117) IS UNKNOWN IN CHAINS A,B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 5.3
詳細: 18% 2-PROPANOL, 21% PEG 4000 AND 0.1 M NA CITRATE PH 5.3
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
218 %2-propanol1reservoir
321 %PEG40001reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.535
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→14.7 Å / Num. obs: 8166 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / % possible all: 89.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CL5

1cl5


解像度: 2.4→14.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 423 5.2 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 8166 85.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.6966 Å2 / ksol: 0.321272 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å211.25 Å2
2---7.22 Å20 Å2
3---6.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 8 135 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 55 5.3 %
Rwork0.301 991 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4IOH_XPLOR_PAR.TXTIOH_XPLOR_TOP.TXT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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