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万見
- PDB-1gm2: The independent structure of the antitryptic reactive site loop o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gm2
タイトルThe independent structure of the antitryptic reactive site loop of Bowman-Birk inhibitor and sunflower trypsin inhibitor-1
要素BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / BOWMAN-BIRK INHIBITOR PROTEIN MIMETIC / SUNFLOWER TRYPSIN INHIBITOR-1 (SFTI-1) MIMETIC / TRYPSIN INHIBITOR / TYPE VIB BETA-TURN PEPTIDE
機能・相同性Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Bowman-Birk type proteinase inhibitor DE-4
機能・相同性情報
生物種Macrotyloma axillare (マメ科)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brauer, A.B.E. / Kelly, G. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2002
タイトル: The (1)H-NMR solution structure of the antitryptic core peptide of Bowman-Birk inhibitor proteins: a minimal canonical loop.
著者: Brauer, A.B. / Kelly, G. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: A Conserved Cis Peptide Bond is Necessary for the Activity of Bowman-Birk Inhibitor Protein
著者: Brauer, A.B.E. / Domingo, G.J. / Cooke, R.M. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The Bowman-Birk Inhibitor Reactive Site Loop Represents an Independent Structural Beta-Hairpin Motif
著者: Brauer, A.B.E. / Kelly, G. / Mcbride, J.D. / Cooke, R.M. / Matthews, S.J. / Leatherbarrow, R.J.
履歴
登録2001年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2271
ポリマ－1,2271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 300LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BOWMAN-BIRK INHIBITOR DERIVED PEPTIDE


分子量: 1227.430 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTITRYPTIC REACTIVE SITE LOOP / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Macrotyloma axillare (マメ科) / 参照: UniProt: P01059
構成要素の詳細TERMINAL RESIDUES ARE MUTATED REALTIVE TO WILD TYPE SEQUENCE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121COSY
131NOESY
141ROESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-NMR.

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試料調製

試料状態pH: 3.8 / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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