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- PDB-1glb: STRUCTURE OF THE REGULATORY COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI IIIGLC WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1glb
タイトルSTRUCTURE OF THE REGULATORY COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI IIIGLC WITH GLYCEROL KINASE
要素
  • GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
  • GLYCEROL KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / glycerol-3-phosphate metabolic process / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system ...negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / glycerol-3-phosphate metabolic process / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / glycerol catabolic process / kinase activity / DNA damage response / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. ...: / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / Duplicated hybrid motif / ATPase, nucleotide binding domain / Distorted Sandwich / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycerol kinase / PTS system glucose-specific EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hurley, J.H. / Worthylake, D. / Faber, H.R. / Meadow, N.D. / Roseman, S. / Pettigrew, D.W. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Structure of the regulatory complex of Escherichia coli IIIGlc with glycerol kinase.
著者: Hurley, J.H. / Faber, H.R. / Worthylake, D. / Meadow, N.D. / Roseman, S. / Pettigrew, D.W. / Remington, S.J.
履歴
登録1992年10月28日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
G: GLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8234
ポリマ－74,3042
非ポリマー5192
水00
1
F: GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
G: GLYCEROL KINASE
ヘテロ分子

F: GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
G: GLYCEROL KINASE
ヘテロ分子

F: GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
G: GLYCEROL KINASE
ヘテロ分子

F: GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
G: GLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,29416
ポリマ－297,2178
非ポリマー2,0778
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.700, 124.900, 134.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細GLYCEROL KINASE EXISTS AT PHYSIOLOGICAL CONCENTRATIONS IN AN EQUILIBRIUM BETWEEN FUNCTIONAL DIMERS AND TETRAMERS. THE CRYSTAL CONTAINS TETRAMERS OF GLYCEROL-GLUCOSE-SPECIFIC FACTOR III COMPLEX KINASE WITH EXACT 222 POINT-GROUP SYMMETRY. THE TETRAMER IS LOCATED AT THE INTERSECTION OF THREE TWO-FOLD AXES IN THE CRYSTAL LATTICE. THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS WILL PRODUCE A TETRAMER OF THE COMPLEX WHEN APPLIED TO THE COORDINATES IN THIS ENTRY: TRANSFORM 1 (-X, 1-Y, Z) -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 124.90 0.0 0.0 1.0 0.0 TRANSFORM 2 (X, 1-Y, -Z) 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 124.90 0.0 0.0 -1.0 0.0 TRANSFORM 3 (-X, Y, -Z) -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc


分子量: 18141.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69783, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: タンパク質 GLYCEROL KINASE


分子量: 56162.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F3, glycerol kinase
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.5-0.8 Msodium acetate1drop
3100 mMMES1drop
40.5-0.8 Msodium acetate1reservoir
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 24169 / % possible obs: 76 % / Num. measured all: 81994 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.7 Å / Num. possible: 58 / Rmerge(I) obs: 0.232

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.205 / Rfactor obs: 0.205 / 最高解像度: 2.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4985 0 33 0 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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