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万見
- PDB-1gj6: ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER19... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gj6
タイトルENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS
要素BETA-TRYPSIN
キーワードHYDROLASE / selectivity at S1 / H2O displacement / uPA / tPA / Ser190/Ala190 protease / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-132 / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001
タイトル: Engineering inhibitors highly selective for the S1 sites of Ser190 trypsin-like serine protease drug targets.
著者: Katz, B.A. / Sprengeler, P.A. / Luong, C. / Verner, E. / Elrod, K. / Kirtley, M. / Janc, J. / Spencer, J.R. / Breitenbucher, J.G. / Hui, H. / McGee, D. / Allen, D. / Martelli, A. / Mackman, R.L.
履歴
登録2001年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7273
ポリマ－23,3241
非ポリマー4032
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.72, 63.08, 69.50
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-TRYPSIN / E.C.3.4.21.4


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-132 / 6-CHLORO-2-(2-HYDROXY-BIPHENYL-3-YL)-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE


分子量: 362.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17ClN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1
詳細: magnesium sulfate soak at pH 9.05, vapor diffusion at 298 K, pH 8.10
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: batch method / 詳細: Katz, B.A., (2000) Chem.Biol., 7, 299.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 mM11Zn2+
21.51 M11MgSO4-7H2O
30.59 mMtrypsin11
45.0 %(v/v)DMSO11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→46.97 Å / Num. all: 58194 / Num. obs: 32043 / % possible obs: 55.1 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Num. unique all: 664 / % possible all: 37.1
反射
*PLUS
Num. obs: 30523 / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteXデータ収集
bioteXデータ削減
X-PLOR3.851精密化
bioteXデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→7 Å / σ(F): 1.6 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field
詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Val53, Leu66, Ser86, Lys87, Ser110, Ser113, Ser130, Lys159, Asp165, Ser170, Gln175, Ser217, Lys230, Ser236, Ser244 Note that ...詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Val53, Leu66, Ser86, Lys87, Ser110, Ser113, Ser130, Lys159, Asp165, Ser170, Gln175, Ser217, Lys230, Ser236, Ser244 Note that HOH383 makes short H-bonds to OgSer195 and O6' of the inhibitor Disordered waters are: HOH249 which is close to HOH250; HOH372 which is close to HOH373; HOH397 which is close to HOH398; HOH399 which is close to HOH400; sulfate_458 which is close to HOH459; HOH536 which is close to HOH537; HOH647 which is close to HOH648; HOH667 which is close to HOH668; HOH679 which is close to HOH680; HOH684 which is close to HOH685; HOH797 which is close to HOH798 which is close to HOH799; HOH902 which is close to HOH903; HOH947 which is close to HOH948; His40 and HIS91 are MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN. His57 is doubly protonated.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 3640 10 %
Rwork0.187 --
obs0.189 30523 67.7 %
all-45086 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 43 915 4307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.189 / Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.57 Å / Rfactor Rwork: 0.189 / Rfactor obs: 0.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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