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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gif | ||||||
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タイトル | HUMAN GLYCOSYLATION-INHIBITING FACTOR | ||||||
要素 | GLYCOSYLATION-INHIBITING FACTOR | ||||||
キーワード | CYTOKINE / MACROPHAGE / INFLAMMATORY RESPONSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, Y. / Kuroki, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: The crystal structure of human glycosylation-inhibiting factor is a trimeric barrel with three 6-stranded beta-sheets. 著者: Kato, Y. / Muto, T. / Tomura, T. / Tsumura, H. / Watarai, H. / Mikayama, T. / Ishizaka, K. / Kuroki, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gif.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gif.ent.gz | 59.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gif.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gif_validation.pdf.gz | 375.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gif_full_validation.pdf.gz | 386.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gif_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gif_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gif | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12486.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14174 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月25日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 43864 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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