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万見
- PDB-1ghd: Crystal structure of the glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ghd
タイトルCrystal structure of the glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase by mad phasing
要素(GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE) x 2
キーワードHYDROLASE / cephalosporin acylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cephalosporin acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. 130 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ding, Y. / Jiang, W. / Mao, X. / He, H. / Zhang, S. / Tang, H. / Bartlam, M. / Ye, S. / Jiang, F. / Liu, Y. ...Ding, Y. / Jiang, W. / Mao, X. / He, H. / Zhang, S. / Tang, H. / Bartlam, M. / Ye, S. / Jiang, F. / Liu, Y. / Zhao, G. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Affinity alkylation of the Trp-B4 residue of the beta -subunit of the glutaryl 7-aminocephalosporanic acid acylase of Pseudomonas sp. 130.
著者: Huang, X. / Zeng, R. / Ding, X. / Mao, X. / Ding, Y. / Rao, Z. / Xie, Y. / Jiang, W. / Zhao, G.
履歴
登録2000年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE
B: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5932
ポリマ－77,5932
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
2
A: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE
B: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE

A: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE
B: GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,1864
ポリマ－155,1864
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area17600 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area46860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.48, 73.48, 382.02
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE


分子量: 18737.322 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA-SUBUNIT + SPACER PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 130 (バクテリア)
プラスミド: PMFT7H6CAII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O86089, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質 GLUTARYL-7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE


分子量: 58855.785 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 130 (バクテリア)
プラスミド: PMFT7H6CAII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O86089, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: hanging drop/vapor diffusion / pH: 7.5
詳細: sodium acetate, cadmium sulfate, hepes, pH 7.5, HANGING DROP/VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Ichikawa, S., (1981) Agric. Biol. Chem., 45, 2231.

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9639
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9639 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 69082 / Num. obs: 68105 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 5097 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO2000データ削減
SCALEPACK2000データスケーリング
O7モデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 7585 -
Rwork0.218 --
all-78107 -
obs-76374 97.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5306 0 0 198 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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