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- PDB-1ggz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CALMODULIN-LIKE PROTEIN (HCLP) FROM HUMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CALMODULIN-LIKE PROTEIN (HCLP) FROM HUMAN EPITHELIAL CELLS
要素CALMODULIN-RELATED PROTEIN NB-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ca+2 binding protein / EF hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF hand / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Han, B.-G. / Han, M. / Sui, H. / Yaswen, P. / Walian, P.J. / Jap, B.K.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of human calmodulin-like protein: insights into its functional role.
著者: Han, B.G. / Han, M. / Sui, H. / Yaswen, P. / Walian, P.J. / Jap, B.K.
履歴
登録2000年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN-RELATED PROTEIN NB-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9395
ポリマ－16,7791
非ポリマー1604
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.38, 93.63, 24.86
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN-RELATED PROTEIN NB-1 / CALMODULIN-LIKE PROTEIN


分子量: 16778.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: EPITHELIAL / プラスミド: PET-11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27482
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5
詳細: MPD, Sodium Acetate, Ethanol, CaCl2, pH 4.5, EVAPORATION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
32 mM1dropCaCl2
427 %MPD1reservoir
515 %ethanol1reservoir
650 mM1reservoirCaCl2
70.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 24588 / Num. obs: 23940 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique all: 944 / % possible all: 78.7
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.57 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 78.7 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1153 -
Rwork0.183 --
all-24588 -
obs-23750 96.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 4 260 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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