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- PDB-1gg0: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF KDOP SYNTHASE AT 3.0 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gg0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF KDOP SYNTHASE AT 3.0 A
要素3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wagner, T. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R. / Tolbert, W.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: 3-Deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Escherichia coli. Model of binding of phosphoenolpyruvate and D-arabinose-5-phosphate.
著者: Wagner, T. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R. / Tolbert, W.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Structure and mechanism of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase
著者: Radaev, S. / Dastidar, P. / Patel, M. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Escherichia coli
著者: Tolbert, W.D. / Moll, J.R. / Bauerle, R. / Kretsinger, R.H.
履歴
登録2000年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0613
ポリマ－30,8711
非ポリマー1902
水00
1
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,24212
ポリマ－123,4834
非ポリマー7608
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
手法PQS
2
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1216
ポリマ－61,7412
非ポリマー3804
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.167, 118.167, 118.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and the symmetry partners generated by two two-fold axes.

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要素

#1: タンパク質 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCAM5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A715, EC: 4.1.2.16
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 1500, 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid, dithioerythitol, d-arabinose-5-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220-28 %(w/wPEG15001reservoir
310 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 4988 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 43.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 357 / % possible all: 62.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 39075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 3→20 Å / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.265 522 random
Rwork0.227 --
all0.231 4988 -
obs0.231 4988 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 10 0 2028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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