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- PDB-1geh: CRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEAL RUBISCO (RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1geh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ARCHAEAL RUBISCO (RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE)
要素RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
キーワードLYASE / Pentagonal toroid decamer / RUBISCO
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kitano, K. / Maeda, N. / Fukui, T. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of a Novel-Type Archaeal Rubisco with Pentagonal Symmetry
著者: Kitano, K. / Maeda, N. / Fukui, T. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Ribulose Bisphosphate Carboxylase/oxygenase from Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1 is Composed Solely of Large Subunits and Forms a Pentagonal Structure
著者: Maeda, N. / Kitano, K. / Fukui, T. / Ezaki, S. / Atomi, H. / Miki, K. / Imanaka, T.
履歴
登録2000年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
B: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
D: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,84315
ポリマ－248,8825
非ポリマー96110
水00
1
A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
B: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
D: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子

A: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
B: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
D: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,68630
ポリマ－497,76510
非ポリマー1,92120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)233.75, 233.75, 93.26
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a decamer generated from the pentamer in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z.

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE


分子量: 49776.480 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93627, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: Ammoinum sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Maeda, N., (1999) J.Mol.Biol., 293, 57.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.8 Mammonium sulfate1drop
310 mM1dropMgCl2
4100 mMCHES-NaOH1droppH9.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6B21
検出器
タイプID検出器
FUJI1IMAGE PLATE
FUJI2IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 64453 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / % possible all: 65.5
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 784332
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 11437229 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 6530 10.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all-64453 --
obs-64453 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16890 0 50 0 16940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it13.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it19.712.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.8 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork7222 -
Rfree-10.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.404
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it13.932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it19.712.5
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 10.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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