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- PDB-1gea: RECEPTOR-BOUND CONFORMATION OF PACAP21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gea
タイトルRECEPTOR-BOUND CONFORMATION OF PACAP21
要素PITUITARY ADENYLATE CYCLASE ACTIVATING POLYPEPTIDE
キーワードNEUROPEPTIDE / BETA COIL / CONSECUTIVE BETA TURNS / TYPE-II BETA TURN / TYPE-I BETA TURN / HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / type 1 vasoactive intestinal polypeptide receptor binding / type 2 vasoactive intestinal polypeptide receptor binding / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide hormone activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / insulin secretion / peptide hormone receptor binding ...pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / type 1 vasoactive intestinal polypeptide receptor binding / type 2 vasoactive intestinal polypeptide receptor binding / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide hormone activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / insulin secretion / peptide hormone receptor binding / negative regulation of cell cycle / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of GTPase activity / neuropeptide signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / female pregnancy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron projection development / Glucagon-type ligand receptors / cell-cell signaling / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / perikaryon / G alpha (s) signalling events / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signaling receptor binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Iterative relaxation matrix analysis (IRMA), simulated annealing (SA)
データ登録者Inooka, H. / Ohtaki, T. / Kitahara, O. / Ikegami, T. / Endo, S. / Kitada, C. / Ogi, K. / Onda, H. / Fujino, M. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Conformation of a peptide ligand bound to its G-protein coupled receptor.
著者: Inooka, H. / Ohtaki, T. / Kitahara, O. / Ikegami, T. / Endo, S. / Kitada, C. / Ogi, K. / Onda, H. / Fujino, M. / Shirakawa, M.
履歴
登録2000年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PITUITARY ADENYLATE CYCLASE ACTIVATING POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5231
ポリマ－2,5231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #12closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PITUITARY ADENYLATE CYCLASE ACTIVATING POLYPEPTIDE


分子量: 2522.882 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN(RESIDUE 132-152) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P18509

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRNOESY
221TRNOESY
NMR実験の詳細Text: Both TRNOE and NOE cross peaks were observed in the spectrum: the former reflects the conformation of PACAP21 in the receptor-bound form, while the latter reflects that of unbound PACAP21. Upon ...Text: Both TRNOE and NOE cross peaks were observed in the spectrum: the former reflects the conformation of PACAP21 in the receptor-bound form, while the latter reflects that of unbound PACAP21. Upon addition of a higher affinity ligand, PACAP27, the TRNOE cross peaks were selectively eliminated due to a competitive inhibition of the specific binding of PACAP21 to the receptor. Accordingly, the subtraction of these two spectra yields TRNOE-related cross peaks exclusively.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7mM PACAP21; 40mM PACAP receptor; 80mM phosphate buffer (pH 6.3)90% H2O/10% D2O
21.7mM PACAP21; 40mM PACAP receptor; 80mM phosphate buffer (pH 6.3)99.8% D2O
試料状態イオン強度: 0.41 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger, A.T.構造決定
IRMA30-Jul-90Kaptein, R.iterative matrix relaxation
X-PLOR3.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: Iterative relaxation matrix analysis (IRMA), simulated annealing (SA)
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are calculated by SA protocol of X-PLOR based on a total of 387 TRNOE-derived distance restraints obtained from the IRMA refinement.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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