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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ge3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT HUMAN LYSOZYME SUBSTITUTED AT LEFT-HANDED HELICAL POSITIONS | ||||||
![]() | LYSOZYME C | ||||||
![]() | HYDROLASE / Non-glycine Residues at Left-handed Helical Structure / Stability | ||||||
機能・相同性 | ![]() antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Takano, K. / Yamagata, Y. / Yutani, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme 著者: Takano, K. / Yamagata, Y. / Yutani, K. #1: ![]() タイトル: Role of Amino Acid Residues at Turns in the Conformational Stability and Folding of Human Lysozyme 著者: Takano, K. / Yamagata, Y. / Yutani, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14663.643 Da / 分子数: 1 / 変異: N118G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: sodium phosphate, sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / 詳細: Takano, K., (1995) J.Mol.Biol., 254, 62. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 37522 / Num. obs: 10850 / % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.985 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 37522 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |