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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gdq | ||||||
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タイトル | FUSARIUM OXYSPORUM TRYPSIN AT ATOMIC RESOLUTION | ||||||
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![]() | HYDROLASE / beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rypniewski, W.R. / Oestergaard, P. / Noerregaard-Madsen, M. / Dauter, M. / Wilson, K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fusarium oxysporum trypsin at atomic resolution at 100 and 283 K: a study of ligand binding. 著者: Rypniewski, W.R. / Ostergaard, P.R. / Norregaard-Madsen, M. / Dauter, M. / Wilson, K.S. #1: ![]() タイトル: Structure of inhibited trypsin from Fusarium oxysporum at 1.55A 著者: Rypniewski, W.R. / Dambmann, C. / von der Osten, C. / Dauter, M. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22200.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 303.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: sodium sulphate, sodium citrate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 19K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.93→12 Å / Num. all: 576525 / Num. obs: 576525 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 0.93→0.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Num. unique all: 5033 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / Num. obs: 107781 / Num. measured all: 576525 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 0.93→12 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: least-squares refinement against I's. Full-matrix least-squares at the end to obtain error estimates
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.93→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.112 |