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万見
- PDB-1gd0: HUMAN MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR (MIF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gd0
タイトルHUMAN MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR (MIF)
要素MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / MIF / MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kurihara, H. / Katayama, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: Coumarin and chromen-4-one analogues as tautomerase inhibitors of macrophage migration inhibitory factor: discovery and X-ray crystallography.
著者: Orita, M. / Yamamoto, S. / Katayama, N. / Aoki, M. / Takayama, K. / Yamagiwa, Y. / Seki, N. / Suzuki, H. / Kurihara, H. / Sakashita, H. / Takeuchi, M. / Fujita, S. / Yamada, T. / Tanaka, A.
履歴
登録2000年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
C: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,52713
ポリマ－40,2793
非ポリマー1,24910
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.5, 67.5, 88.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR / MIF


分子量: 13426.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P14174
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.0, vapor diffusion : hanging drop, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mg/mlprotein1drop
214.4 mMbeta-mercaptoethanol1drop
30.1 mMPMSF1drop
4100 mMsodium citrate1drop
50.6-1.5 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年10月18日
放射モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. all: 56679 / Num. obs: 56679 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Num. unique all: 5037 / % possible all: 67.1
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIF

1mif


解像度: 1.5→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: R. A. Engh and R. Huber, Acta Cryst. Sect. A., 1991
詳細: NCS RESTRAINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 5771 10.2 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 50908 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 74 334 3080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.072
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.732.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 832 10.9 %
Rwork0.42 6814 -
obs--71.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19.SOLTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAMTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.072
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.732.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.413 / % reflection Rfree: 10.9 % / Rfactor Rwork: 0.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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