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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gbu | ||||||
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タイトル | DEOXY (BETA-(C93A,C112G)) HUMAN HEMOGLOBIN | ||||||
要素 | (HEMOGLOBIN) x 2 | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / HUMAN / MUTANT / BETA-(C93A / C112G) / DEOXY / DEOXY HEMOGLOBIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vasquez, G.B. / Ji, X. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999 タイトル: Cysteines beta93 and beta112 as probes of conformational and functional events at the human hemoglobin subunit interfaces. 著者: Vasquez, G.B. / Karavitis, M. / Ji, X. / Pechik, I. / Brinigar, W.S. / Gilliland, G.L. / Fronticelli, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gbu.cif.gz | 135.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gbu.ent.gz | 106.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gbu_validation.pdf.gz | 696.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gbu_full_validation.pdf.gz | 727.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gbu_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gbu_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/1gbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/1gbu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN B, D, C93A, C112G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEOXY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD 解説: THE BETA CHAINS WERE RECOMBINANT, BUT THE ALPHA CHAINS WERE PURIFIED FROM OUTDATED BLOOD OBTAINED FROM THE BLOOD BANK OF THE UNIVERSITY OF MARYLAND Cell: ERYTHROCYTE / 器官: BLOOD / プラスミド: PJK05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15812.042 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN B, D, C93A, C112G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DEOXY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD 解説: THE BETA CHAINS WERE RECOMBINANT, BUT THE ALPHA CHAINS WERE PURIFIED FROM OUTDATED BLOOD OBTAINED FROM THE BLOOD BANK OF THE UNIVERSITY OF MARYLAND Cell: ERYTHROCYTE / 器官: BLOOD / プラスミド: PJK05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / 解説: THE TOTAL NUMBER OF REFLECTIONS IS 131074. | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: unknown / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J. Crystal Growth, 2, 54. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→6 Å / Num. obs: 41926 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.13 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 1.1 |
反射 | *PLUS Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 131074 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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