PDB-1g9e: SOLUTION STRUCTURE AND RELAXATION MEASUREMENTS OF AN ANTIGEN-FREE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g9e

タイトル

SOLUTION STRUCTURE AND RELAXATION MEASUREMENTS OF AN ANTIGEN-FREE HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN (VHH) FROM LLAMA

要素

H14

キーワード

IMMUNE SYSTEM / BETA BARREL

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics

データ登録者

Renisio, J.-G. / Perez, J. / Czisch, M. / Guenneugues, M. / Bornet, O. / Frenken, L. / Cambillau, C. / Darbon, H.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of an antigen-free heavy chain variable domain (VHH) from Llama
著者: Renisio, J.-G. / Perez, J. / Czisch, M. / Guenneugues, M. / Bornet, O. / Frenken, L. / Cambillau, C. / Darbon, H.

履歴

登録	2000年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g9e.cif.gz	665.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g9e.ent.gz	554.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g9e	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3lrh-4 5xj3-1 6dba-1 3tpk-d 3qxt-2 4zg1-5 6asr-1 5xj3-7 5xj3-4 3qxv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H14

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	Structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: 抗体	H14 分子量: 12521.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 4165492
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 3mM 15N H14; 10mM deuterated Na acetate pH4.6 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4.6 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	2.6	BRUKER	collection
UXNMR	2.6	BRUKER	解析
XEASY	1.3.13	Bartels	データ解析
DIANA	2.8	Guntert	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1295 restraints, 1181 are NOE-derived distance constraints, 57 dihedral angle restraints, 51 distance restraints from hydrogen bonds and 6 from the disulfide bridge.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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