+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g92 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF PONERATOXIN | ||||||
要素 | PONERATOXIN | ||||||
キーワード | TOXIN / Neurotoxin / Sodium channel inhibitor | ||||||
機能・相同性 | host cell postsynaptic membrane / toxin activity / extracellular region / Delta-paraponeritoxin-Pc1a 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Szolajska, E. / Poznanski, J. / Ferber, M.L. / Michalik, J. / Gout, E. / Fender, P. / Bailly, I. / Dublet, B. / Chroboczek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004 タイトル: Poneratoxin, a neurotoxin from ant venom. Structure and expression in insect cells and construction of a bio-insecticide. 著者: Szolajska, E. / Poznanski, J. / Ferber, M.L. / Michalik, J. / Gout, E. / Fender, P. / Bailly, I. / Dublet, B. / Chroboczek, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g92.cif.gz | 86.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1g92.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g92.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g92_validation.pdf.gz | 338.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1g92_full_validation.pdf.gz | 411.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g92_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g92_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g92 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2759.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Paraponera clavata (Venon ant). 参照: UniProt: P41736 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. 100 and 200 ms mixing time 2D-NOESY spectra were accumulated |
-試料調製
詳細 | 内容: 3 mM of C-amidated peptide / 溶媒系: D2O:TFE in volumetric ratio 3:1 |
---|---|
試料状態 | pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 428 NOE-derived distance restraints and 20 dihedral angle restraints. Simulated annealing in the REDAC strategy made by DYANA. Final refinement, inculding PRO ...詳細: The structures are based on 428 NOE-derived distance restraints and 20 dihedral angle restraints. Simulated annealing in the REDAC strategy made by DYANA. Final refinement, inculding PRO pyrrolidine ring puckering by X-PLOR. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 333 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |