PDB-1g92: SOLUTION STRUCTURE OF PONERATOXIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g92

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF PONERATOXIN

要素

PONERATOXIN

キーワード

TOXIN / Neurotoxin / Sodium channel inhibitor

機能・相同性

host cell postsynaptic membrane / host cell presynaptic membrane / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Glycyl-poneratoxin

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Szolajska, E. / Poznanski, J. / Ferber, M.L. / Michalik, J. / Gout, E. / Fender, P. / Bailly, I. / Dublet, B. / Chroboczek, J.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Poneratoxin, a neurotoxin from ant venom. Structure and expression in insect cells and construction of a bio-insecticide.
著者: Szolajska, E. / Poznanski, J. / Ferber, M.L. / Michalik, J. / Gout, E. / Fender, P. / Bailly, I. / Dublet, B. / Chroboczek, J.

履歴

登録	2000年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g92.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g92.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/1g92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mhw-d 5ykq-d 3ni3-3 3ni3-6 4e0l-1 5kkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PONERATOXIN

2.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 333	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	PONERATOXIN / PAC-TX 分子量: 2759.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Paraponera clavata (Venon ant). 参照: UniProt: P41736

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. 100 and 200 ms mixing time 2D-NOESY spectra were accumulated

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM of C-amidated peptide / 溶媒系: D2O:TFE in volumetric ratio 3:1
試料状態	pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	930601.3	Bruker	collection
NMRPipe	1.7	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax	解析
XEASY	1.3.11	Bartels, Xia, Guntert, Billeter, Wuthrich	データ解析
DYANA	1.5	Guntert, Mumenthaler	構造決定
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化
SYBYL	6.5	Biosym	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 428 NOE-derived distance restraints and 20 dihedral angle restraints. Simulated annealing in the REDAC strategy made by DYANA. Final refinement, inculding PRO ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 333 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)